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1．提呈抗原、参与适应性免疫应答

（1） T细胞以其TCR实现对抗原肽和MHC分子的双重识别；

（2） 被MHC分子结合并提呈的成分，可以是自身抗原，甚至是MHC分子本身；

（3） MHC是疾病易感性个体差异的主要决定者；

（4） MHC参与构成种群基因结构的异质性。

2．参与固有免疫应答

MHC免疫功能相关基因参与对非特异性免疫应答的调控，主要表现在以下方面：

（1） 补体基因--补体编码（经典的Ⅲ类基因）

（2） 非经典Ⅰ类基因和MICA基因产物--调控NK细胞活性

（3） 炎症相关基因--调控炎症反应