癌症测序FAQ
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发布日期: 2010-11-16 22:54 文章来源: 丁香园
关键词: 华大基因 癌症 测序 点击次数:

 1. SNV和SNP之间有什么区别?

SNP和SNV: SNP是单核苷酸多态性,single nucleotide polymorphism,是在群体中的概念。现在肿瘤中发现的大量单个碱基的改变,如果没进一步在群体中验证过,应该称为SNV,single nucleotide variation 。
 

2. 新推出的Aglient SureSelect 50Mb 外显子捕获技术与之前的Aglient SureSelect 38Mb有什么区别?

Aglient SureSelect 50Mb 外显子捕获试剂盒相对于Aglient SureSelect 38Mb来说,其是优化升级版。捕获技术原理没变,有效去除非目标区域,杂交捕获特异性明显提高。覆盖区域新增了更新注释的外显子区域和非编码区等,已成为目前市面上覆盖最全的外显子捕获芯片,达约50 Mb。
 

3. 外显子捕获测序技术,样品有哪些要求?

样品纯度:OD260/OD280值应在1.8~2.0之间;

样品浓度:样品的浓度越高越好,最低不应低于50μg/uL;

样品的量:为了保证实验质量,我们需要预留一次样品制备的DNA,因此目前要求是:NimbleGen SeqCap EZ平台:单个样品不低于7µg;Agilent(SureSelect 38 Mb/50 Mb)平台:单个样品量不低于7μg。
 

4. 除了癌症还有那些方面单细胞测序有明显的独特优势?

单细胞测序相对技术要求较高,其应用应大致符合:有单细胞水平的研究意义(癌症),资源宝贵,难于获得(母体血液的胚胎细胞)或难于分离扩大培养(微生物)。

目前应用于微生物领域(特别针对难于分离培养的微生物),癌症领域(针对癌症细胞间的高度异质性),植入前诊断及母体血液胚胎细胞诊断(如人类植入前胚胎活体检测 X 连锁遗传病的单细胞测定性别等)

法医学、微量诊断、遗传印记等研究应用,其更多的是针对基于全基因组扩增技术的能使微量DNA高保真扩增至研究鉴定所需的μg级别。(针对的是分子技术,不执着于是否是单细胞水平)


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