dxy

1. 外显子测序与传统基因分型芯片在进行GWAS研究上各有哪些优劣？

2. 一般每个样品的测序深度需要达到多少？

如下图所示，测序深度为6×时，对目标区域的覆盖度即可达到90%（图1）。根据我们的经验，当样品的测序深度达到20×时，Reads对外显子区域的覆盖接近饱和，此时再增加测序量对外显子区域的覆盖度增加贡献极小，但将会增加检测 SNPs 的准确性和发现潜在稀有致病变异位点。可根据实验目标和预算经费选择合适的测序深度。

3. 复杂疾病样本怎么选择？

对于复杂疾病样品的选择首先应该选择具有较高遗传力的疾病病例作为研究对象，挑选合适的中间表型样品（用于复杂疾病研究的中间表型应该具备以下几个特点：① 与疾病相关；②高度遗传；③高外显率；④在患者后代中表现较早，表型一致；⑤ 与疾病的发病机制有因果关系）、数量性状、早发病例、极端表型，从而提高筛选的候选位点与疾病的关联性。

4. 复杂疾病样本的选择中，有家系的话，是选家系好还是选散发性样本好？还是结合起来选好？

一般来说，家系样本和无关的疾病样本结合起来比较好，如果有好家系，尽量计入家系样本，这样能提高后续分析的关联度。对于复杂疾病来说，一个家系一般只涉及几个基因，不用做太多样本，建议加入多个不同的家系；另外做家系实际风险会比散发的小很多，能较容易的判断能否找到疾病相关易感位点，而散发性样本研究就需要有一个比较大的样本量。

5. 后期的关联分析是指基因分型吗?

关联分析是一种分析手段, 是指通过比较疾病组和对照组在SNP频率上的差异，利用统计学方法识别与疾病或者特定表型显著相关的SNPs；基因分型是一个技术平台，能够对一定样本在同一位点的SNP基因型进行快速识别和鉴定。基因分型是为了在更大规模样本中鉴定前期筛选的候选SNP，得到各个样本在这些候选SNP的准确基因型，用于后续的关联分析，在更大规模的样本中重复第一阶段的关联信号。