当你只处理一张图片时,可真的用不上宏。但是当你作了两组实验动物,每组5只,每只动物切出来五张组织切片,每张切片选取了5个视野拍下了照片,这就一共有2*5*5*5=250张照片。如果你用IPP处理一张照片用时两分钟,就一共需要500分钟=8小时。这还不包括你因为操作错误所耽误的时间。
在处理一组照片时还有一个重要的因素要考虑,当你选取AOI时,是根据眼睛的判断来作出选择的,在两张照片之间仅用眼睛来判断很难保证这之间的判断在客观上完全一致。更何况250张照片呢?
所以编制自动操作的宏是必须掌握的技巧。
首先是在所有待处理照片中挑选一张有代表性的典型图片,进行仔细的选色及分析测量。得到满意的结果后,就可以按照这个既定的操作程式进行宏的编制了。
以下面的免疫组化照片的分析测量为例,处理顺序是:
打开图片后
1.点开count/size窗口,点measure--select measurement 菜单,选择Area、density(mean)及IOD三个测量项目,不使用测量过滤。class object 标记为标记class颜色,
2.选择图片中黄色区域作为蛋白表达区,组织空白区域较亮的地方为背景区域。经试验这两个区域都用HSI分色选取比较准确。蛋白表达区的HSI分色数值为H:0-28,S与I都是0-255。背景区的HSI分色数值为H:52-140,S:0-255,I:173-255。
3.先测量蛋白表达区。选完分色后点count,在statistics窗口中把统计数值传入Excel中。
4.再回到segmentation中选背景区的分色,再次count,把统计数值传入Excel。测量结束时在Excel中有两组统计数值。
在编制宏操作时,因为是自动操作,所以不能有人工选择干预的操作动作。因此要对上面的操作顺序进行一些适用于宏操作的调整。
宏操作前的准备:
1.把count/size窗口中各项选择设置完成后,(包括select measurement、class option设置)点击file菜单的 save settings 将这些设置保存成一个文件,保存位置最好放在与待处理图片一起的文件夹中。并起一个有意义的文件名,但最好是英文。
2.再把segmentation窗口打开,选好阳性表达区域的分色后,点击下面file中的save file,把这个分色设定也保存成一个文件,也起一个有意义的英文文件名。存完后重新选择背景的分色,再把背景分色设定也保存成一个文件。
3.打开stistics窗口,如果打不开的话可先点一下count随便测量个数值。然后点一下file菜单中的DDE option窗口。设置一下测量数据传往Excel的规则,这很重要。如果设置不当,你会不知道传过去的数值跑哪里去了。
在DDEoption窗口中从上到下需要填的选择是:
target program:Excel 这是废话,不必改,就这样了。
path:…… 也别改。里面是Excel程序的文件位置,好长呢,别动它。
sheet:Active sheet。 这是说数据将存到Excel中活动表单中了,还有一个选择是填sheet 1 。这样统计数值每次都会存到第一页里。
position data set
row 1 col 1 这是指定数据从Excel表单的具体哪个位置开始放,现在的行列值都是一,就是左上角。在测量过数据后,这个行列值会自动地按下面选项的规则递增。如果想让数据重新从左上角开始填,那就必须把这个行列值给改回1。
再下面是三个单选项:
append next date set to the bottom 下一组数据放在前一级数据的底下。
append next date set to the right 下一组数据放在前一级数据的右边。
imcrement position for naxt date set by
row __ col ___ 这个更灵活,只要填上几行几列,下一组数据就移动几行几列存放。如果行列值都填为0,那么每次都会存在同一个地方。后面的数据会覆盖前面的数据。
设定了DDE option后,不要关闭statistics窗口。让它留在那。这样DDE的设定就不会悄悄地变化了。
作好上面的准备工作,就可以正式录制宏了。
1.打开一张图片,打开count/size窗口,还有空着的statistics窗口。
2.点Macro---record Macro,就调出来了录制宏的开始窗口。要填上Macro Name和Shortcut key。对呀,得给宏起个文件名好保存,另外还要设置一个快捷键来运行它。名字得是八个字母的英文名。快捷键可用ctrl-A之类。用与ctrl或shift位置较近的字母如ASZXWQ或OPLKM之类。按起来容易。
3.然后点OK就开始录制宏操作了,一步也不能操作错哟,否则你的错误操作会被记录在案,并且在每次运行宏操作时都重复这些错误。
点完OK后,宏记录的窗口停在屏幕右下角,当你记录完所有宏操作后,点其中的stop recording就记录完成了。
别忘了在录制宏之前打开一个Excel空工作簿。
这个示例的宏操作步骤如下:
1.点count/size窗口的file--load settings
2.从弹出的文件夹选择菜单中调出刚才保存的count设定文件。
3.点select color 调出segmentation窗口。
4.点file--load file 调出刚才保存的阳性区域选色数值文件,然后close选色窗口。
5.点count,计数,统计数据会马上显示在statistics窗口中。
6.点statistics窗口中的file--DDE to Excel。
7.点count/size的delete纽删掉刚才的计数。
8.再点select color。
9.load 背景选色数值文件。
10.点count计数。
11.点DDE to Excel。
12.点delete.
13.点stop recording结束录制宏。
有两个delete动作是不是有点多余?不,它可以节省宏运行时间的。
录制完宏以后。每次处理图片时任何窗口都不必打开,只要打开图片,按一下宏运行的快捷键ctrl A。只见屏幕一闪一闪地,几秒种,测量数据就在Excel里了。如果是数据顺序排列的话,不用管Excel。打开下一张图片,按ctrl A。几秒钟宏运行结束后再处理下一张。这个速度可是飞快呀。二百五十张图片一会就处理完了。五百组数据都在工作簿里,随便你怎么处理了。
宏录制错了想修改能作到吗?当然能,但你得会编程语言。我不会,只好删除掉录错的然后重新录制宏。
上面作的示例稍微有点复杂,接下来咱们再作一个简单一点的。
这张图片是细胞涂片,因为放大倍数较大,每张片子里没几个细胞,同时每个细胞的大小都差不多。分析目标是每张片子中各个细胞的蛋白表达强度,也就是其“黄色”的深与浅。在图象测量方法上选用了一个稍微简单的方法,就是选一个比细胞稍小的正园形AOI,放在细胞的中间,测这个园内部分的平均光密度。对这张图片中的所有细胞都这么测一遍,求其平均值。
具体操作方法是:
1.点Ellipse AOI按纽。就是那个正圆的AOI选择按纽。在图片上画一个比细胞稍小的正圆(差不多就可以不必是完全准确的正圆)。
2.调出count/size窗口,再从中调出select measurement窗口,选择area、density(mean)、以及IOD项。当然不反对你多选点别的测量项目。
3.点击count/size窗口中EDIT菜单下的convert AOI to object命令,把这个圆转换成一个object。
4.回到select measure菜单,点右下方的measure按纽进行计算测量。注意:不能点count/size菜单中的count按纽。
5.点开count/size 窗口中的view---measurement date和statistics命令。调出测量数据显示窗口和测量值统计数据窗口,现在可以看到第一个细胞的测量数据已经显示出来了。
6.再点一下Ellipse AOI,刚才那个正圆又会露出来了,用鼠标直接将它移到另一个细胞上面,再点一下convert AOI to object,就出来第二个object了。同时它的测量数据会直接显示在数据窗口中。
后面就是单调乏味的重复操作了:
点Ellipse AOI,用鼠标将园圈移到下一个细胞上,点convert AOI to object。
我们就把这个重复动作编成一个宏,把这步操作简化到两步:用鼠标移园圈到下一个细胞,按一下宏快捷键。直到测完这张图片中的全部细胞。再处理下一张图片。
再在就可以记录宏了。调出record macro窗口,起个名字叫test-1,定义其快捷键为ctrl D,用ctrl B可以吗?当然可以,但B在键盘中间,同时按ctrl 与B键是不是挺累手的?
点OK后记录的操作动作很简单:
1.点convert AOI to object
2.点Ellipse AOI
点stop recording macro结束。
这就完了?完了。有意义吗?算算帐就知道了。如果不作宏。数数你得点多少下鼠标。还得找按纽位置。得花几秒钟吧?如果用宏操作。右手执鼠标移动园圈,移到位后用左手按ctrl D。一个细胞一秒钟就搞定。一张图也就十来秒吧?
操作完一张图后,把数据传到Excel中。(这个动作也可以作一个宏嘛,用快捷键ctrl S就很方便)就可以操作下一张图了。
这一步有个小窍门,要先打开下一张图,再关闭刚才处理好的图,这样所有的窗口与设置都会转移到新图上来,只要继续移鼠标,按ctrl D就行了。还有个招就是把一组照片全部同时打开,测量一个图关闭一个图,直到最后一张。如果窗口里一张图都没有了,那么所有的其他窗口也会自动关闭,刚才的设置也泡汤了,不过宏还是保存的。
关于宏的讨论到此结束。当然,宏操作还有其他一些技术,不是必须要用的,或者是较少使用的,可以在临用时抱佛脚--查阅帮助。
编辑:bluelove
作者: hbchendl
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