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当RISC复合体与小RNA分子的向导链结合之后，它又是如何发现靶标mRNA的呢？绝大部分RISC复合体与靶标mRNA之间的结合能（binding energy）都来自于小RNA分子种子区的核苷酸。看来RISC复合体之所以能够被靶标识别并结合主要是因为RISC复合体在通过小RNA分子5'端种子区与靶标发生特异性的结合之后表现出来的对ssRNA具有固有的、非特异性的亲和力。但是，靶标的可结合性是直接与其降解效率相关的，这说明RISC复合体并不能够打开RNA分子的二级结构。

在细胞内，mRNA分子均与核蛋白（ribonucleoproteins，RNP）结合在一起，以复合体的形式存在，因此mRNA分子的可识别性还会受到几种RNA结合蛋白的影响，因为这些蛋白有可能会遮蔽mRNA分子的结合位点或者打开mRNA分子的二级结构。因此，RISC复合体的作用似乎就是根据结合的靶标而定的，它的作用模式不仅会受到靶标mRNA分子上用来与小RNA分子结合的位点结构的影响，还会受到与每一个Argonaute蛋白结合的RNA结合蛋白的影响。比如，在动物体内，miRNA至少可以通过作用于靶mRNA3'端非翻译区里的结合位点的三条各不相同的途径来沉默基因表达，即切割mRNA靶标分子、抑制mRNA靶标分子的翻译表达，或降解mRNA靶标分子。不过，对于每一个单独的miRNA-mRNA沉默复合体来说，由抑制翻译和直接降解而造成的基因沉默效果并不相同。此外，最终的沉默效果可能还会受到其它能够与靶mRNA或RISC复合体发生相互作用、抵消miRNA的蛋白质的影响。这样，每种组织因其所含蛋白的不同，导致了完全不同的调控结果。