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数字基因表达谱升级版RNA-Seq(Quantification)主要用于某物种的特定组织或细胞在特定生物过程中的基因表达定量研究。基于新一代高通量测序平台和华大自主研发的信息分析平台，RNA-Seq(Quantification)可进行全基因组水平的基因表达差异研究，具有定量更准确、可重复性更高、检测范围更广、分析更可靠等特点。

1．实验流程

样品提取总RNA后，对于真核生物，用带有Oligo（dT）的磁珠富集mRNA，对于原核生物，用试剂盒去除rRNA，向得到的mRNA中加入fragmentation buffer使其片断成为短片段，再以片断后的mRNA为模板，用六碱基随机引物（random hexamers）合成cDNA第一链，并加入缓冲液、dNTPs、RNase H和DNA polymerase I合成cDNA第二链，经过QiaQuick PCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱经末端修复、加碱基A，加测序接头，再经琼脂糖凝胶电泳回收目的大小片段，并进行PCR扩增，从而完成整个文库制备工作，构建好的文库用Illumina HiSeq^TM2000进行测序。

2. 标准信息分析流程

3．技术优势

♦ 高重复性

通过对UHRR和HBRR标准品进行重复性研究（如图3）证明，两个样本的技术重复相关系数均可达0.99以上，可见，RNA-Seq(Quantification)具有极好的技术重复性。

♦ 检测阈值宽

从图4中基因表达量检测范围看，RNA-Seq(Quantification)不仅检测范围比Affymetrix芯片宽，而且比Affymetrix更易检测到低丰度的基因。

♦ 定量准确

用qRT-PCR和RNA-Seq(Quantification)两种方法进行UHRR和HBRR基因表达差异研究，结果相关性如图5所示： RNA-Seq (Quantification)与qPCR研究结果相关系数为0.915，表明RNA-Seq (Quantification)技术定量准确性高。

4．数字基因表达谱升级版的应用

5．应用数字基因表达谱升级版技术发表部分文章

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