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 1. 进行小RNA测序对于组织样品提取总RNA有什么特殊要求？

如果要进行小RNA测序，提取总RNA时建议不要使用Qiagen等公司的过柱试剂盒，也不要使用LiCl沉淀，以免损失小片段RNA。除此之外也可以使用专用小RNA提取试剂盒来进行提取。
 

2．Small RNA分析需要合作伙伴提供参考序列吗？

需要，最好提供合作伙伴所做物种的全基因组序列，如果没有，也可以提供近缘物种的全基因组序列或者是本物种的EST等序列作为参考序列，另外还需要老师提供相关的exon/intron,repeat信息以及基因编码序列。
 

3．转录组测序时，无参考基因组序列的情况下，有哪些信息分析能进行？

1）数据产出统计及测序数据的成分和质量评估

2）组装结果分析（Contig长度分布、Scaffold长度分布、Unigene长度分布）

3）Unigene功能注释

4）Unigene的GO分类

5）Unigene代谢通路分析

6） 预测编码蛋白框（CDS）

7） Unigene表达差异分析（两个或两个以上样品超过十次比对按个性化信息分析收费）

8） Unigene在样品间的差异GO分类（两个或两个以上样品） 和Pathway富集性分析
 

4．转录组测序时，有参考基因组序列的情况下，有哪些信息分析能进行？

1）测序评估（比对统计、测序随机性评估、Reads在基因组上的分布）

2）基因表达注释（基因覆盖度、覆盖深度分布等）

3）基因差异表达分析（两个或两个以上样品，超过十次比对按个性化信息分析收费）

4）对基因结构进行优化（仅针对真核生物）

5）鉴定基因的可变剪接（仅针对真核生物）

6）预测新转录本

7）SNP分析
 

5．为什么不同的样品测序得到的reads 数量相差较大？为什么说不影响分析准确性？

不同类型的细胞在不同时期表达的基因数差异很大，而通常用作total RNA 提取的材料的细胞数差异也很大（通常为10～100万个细胞），所以取材的时空及细胞总数的多少决定了样品中表达的mRNA的总量不可能完全一致。

Reads 数与样品上机浓度、样品GC含量和样品自身特性相关，不同样品间存在的差异是正常的。reads 数只会影响到数据量，数据量足够分析就可以，不影响准确性。同时，我们分析时采用RPKM标准化后的数据，这样即使reads 数量相差较大，也不影响分析的准确性。