癌症疾病测序样品质量要求
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1 、外显子测序
1)样品纯度:OD260/OD280值应在1.8~2.0之间;
2)样品浓度:样品的浓度越高越好,最低不应低于50 ng/µL;
3)样品的量:为了保证实验质量,我们需要预留一次样品制备的DNA,因此目前要求是:NimbleGen SeqCap EZ平台:单个样品不低于7µg;Agilent(SureSelect 38 Mb/50 Mb)平台:单个样品量不低于7µg。
2 、全基因组重测序
DNA样品OD值应在1.8~2.0之间;样品浓度越高越好,最低不应低于30 ng/µl。每次样品制备至少需要10 µg DNA样品,如果需要多次制备样品,则需要的样品总量=制备样品次数×10µg。
3 、单细胞测序
1)新鲜癌变组织和对照组织用PBS保存(2天内,不含DMSO)
2)直接接受客户分离的单细胞,进行WGA扩增和高通量测序
4 、细胞系测序
1)客户提供冻存的肿瘤细胞系和对应的正常细胞系,要求冻存细胞数量1~5×106cells/ml,且生长形态良好。并提供相应肿瘤细胞系的背景信息:如细胞系种类,原代细胞取材来源(病人信息,肿瘤信息,细胞传代次数等) ,冻存方式(包括冻存试剂等),运输方式,运输时间等。冻存细胞系复苏培养需2到3周,基本可以达到提20µg的DNA量。
2)新鲜癌变组织和对照组织用PBS保存(2天内,不含DMSO),结合客户提供的肿瘤的组织学特征等信息,分离细胞并进行原代培养建立细胞系。
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