一步一步学流式(4)--学看流式图
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流式数据可以用一维直方图、二维散点图、等高线图、密度图等来表示,下面逐一附图说明。
1.单参数直方图:
每一个细胞单参数的测量数据可以整理成统计分布,以直方图的方式来显示。在图中,横坐标表示荧光信号或散射光信号相对强度的值,其单位是道数,可以是线形(line)或者对数(log)。纵坐标一般是细胞数(count)!如下图:

上图中2N代表G0/G1期细胞,4N代表G2/M期细胞,两者中间代表S期细胞。这是以2倍体和4倍体细胞为主的流式DNA图。
下图为含有大量非整倍体细胞G0/G1(2.8N)和G2/M(5.6N)。

直方图当然不仅仅是用来表示DNA含量的,例如:

上图中101~102(M1)为阴性细胞,101以上的(M2)为阳性细胞。
这里有一个在常见的问题:如何做M1阴性界限?!实际上,这个M1的划分完全是根据阴性对照来的!如下图:红色部分代表阴性对照,即:您所检测的物质在阴性组中的基础表达量,可以理解为背景、静息状态下、基础水平、未受刺激时等。蓝色部分即阳性组,也就是接受刺激后,功能状态下、药物作用后等。

如果您还要问:怎么这么巧,正好在101这儿划分??呵呵,原来偶也这么“傻傻”地问过!因为我们可以人为地将电压,放大调到相应的大小以达到阴性的右边界在某一个值上,这样后期做sample时好看!当然您也可以调到10的2次方,3次方。只要机器电压允许,阳性组还有地方放得下。
2.散点图:
用一个例子来说明:

左上:CD4+
右下:CD8+
左下:CD4-/CD8-
右上:CD4+/CD8+
散点图常被用来分析多参数数据,如上面CD分子的表达,以及凋亡周期特异性,早期凋亡的检测等!如下图:Annexin V-FITC/PI染色。

关于Annexin V-FITC/PI染色右上角的意义,现在有几种说法:
1)坏死+晚期凋亡
2)晚期凋亡
3)坏死(如下图)

4)其它:(如下图)

我们实验室倾向与第一种说法!大家做实验时要注意!!
散点图可以用来进行多参数分析,上面已经提到。至于参数选择,就可以自己选择了,也许您可以发明一种新的方法来作为试验平台呢!比如这篇文章:《New method for the analysis of cell cycle-specific apoptosis》就是在tunnel法的原理上进行的变化,产生了一种新的细胞周期特异性凋亡的分析方法:API法。这种方法我在流式图片专区里向大家介绍过!下载链接:点击后在API里下载
3.等高线图和密度图
这两种图其实就是密度图的变化,等高线图和地图一样。密度图则与等高线图密切联系,密度高的地方颜色就偏红些。
几个介绍流式图片的网页:
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=66&id=1774204&tpg=1&ppg=1&sty=1&age=0
http://webomics.com/veddesign/catalogues.html
http://www.cytometry.cz/en/services/data-analysis.html
http://dir.niehs.nih.gov/fcc/data.htm
http://www.flowjo.com/v3/FAQ/differentgraphs.html
编辑:bluelove
1.单参数直方图:
每一个细胞单参数的测量数据可以整理成统计分布,以直方图的方式来显示。在图中,横坐标表示荧光信号或散射光信号相对强度的值,其单位是道数,可以是线形(line)或者对数(log)。纵坐标一般是细胞数(count)!如下图:

上图中2N代表G0/G1期细胞,4N代表G2/M期细胞,两者中间代表S期细胞。这是以2倍体和4倍体细胞为主的流式DNA图。
下图为含有大量非整倍体细胞G0/G1(2.8N)和G2/M(5.6N)。

直方图当然不仅仅是用来表示DNA含量的,例如:

上图中101~102(M1)为阴性细胞,101以上的(M2)为阳性细胞。
这里有一个在常见的问题:如何做M1阴性界限?!实际上,这个M1的划分完全是根据阴性对照来的!如下图:红色部分代表阴性对照,即:您所检测的物质在阴性组中的基础表达量,可以理解为背景、静息状态下、基础水平、未受刺激时等。蓝色部分即阳性组,也就是接受刺激后,功能状态下、药物作用后等。

如果您还要问:怎么这么巧,正好在101这儿划分??呵呵,原来偶也这么“傻傻”地问过!因为我们可以人为地将电压,放大调到相应的大小以达到阴性的右边界在某一个值上,这样后期做sample时好看!当然您也可以调到10的2次方,3次方。只要机器电压允许,阳性组还有地方放得下。
2.散点图:
用一个例子来说明:

左上:CD4+
右下:CD8+
左下:CD4-/CD8-
右上:CD4+/CD8+
散点图常被用来分析多参数数据,如上面CD分子的表达,以及凋亡周期特异性,早期凋亡的检测等!如下图:Annexin V-FITC/PI染色。
关于Annexin V-FITC/PI染色右上角的意义,现在有几种说法:
1)坏死+晚期凋亡
2)晚期凋亡
3)坏死(如下图)

4)其它:(如下图)

我们实验室倾向与第一种说法!大家做实验时要注意!!
散点图可以用来进行多参数分析,上面已经提到。至于参数选择,就可以自己选择了,也许您可以发明一种新的方法来作为试验平台呢!比如这篇文章:《New method for the analysis of cell cycle-specific apoptosis》就是在tunnel法的原理上进行的变化,产生了一种新的细胞周期特异性凋亡的分析方法:API法。这种方法我在流式图片专区里向大家介绍过!下载链接:点击后在API里下载
3.等高线图和密度图
这两种图其实就是密度图的变化,等高线图和地图一样。密度图则与等高线图密切联系,密度高的地方颜色就偏红些。
几个介绍流式图片的网页:
http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=66&id=1774204&tpg=1&ppg=1&sty=1&age=0
http://webomics.com/veddesign/catalogues.html
http://www.cytometry.cz/en/services/data-analysis.html
http://dir.niehs.nih.gov/fcc/data.htm
http://www.flowjo.com/v3/FAQ/differentgraphs.html
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作者: 丁香园集体创作
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