一步一步教你使用NCBI(Part one)(多图)
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发布日期: 2007-07-24 21:34 文章来源: 丁香园
关键词: NCBI 使用方法 引物设计 序列比对 点击次数:

    Part one: 利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动子(Promoter)[同一个页面即可显示基因序列和启动子]

    下面以人的IL6(白细胞介素6)为例讲述一下具体的操作步骤

    一、打开Map viewer页面,网址为:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html

    在search的下拉菜单里选择物种,for后面填写你的目的基因。操作完毕如图所示:


    二、点击“GO”出现如下页面:


    三、在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框,在Gene前面的小方框里打勾,然后点击Filter,出现下图:

    说明一下:1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。2、下面参考序列给出了三个,是不同的部门做出来的,经我验证,序列有微小的差异,但总体来说基本相同。尽管你分别点击后,序列代码、序列代码等有所差异,但碱基基本一致,不影响大家研究分析序列。现在普遍采用的是最上面的那个序列,这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。我也推荐大家使用这个序列。


    四、点击上述三条序列第一条序列(即reference)对应的“Genes seq”,出现新的页面,页面下方为:


    五、点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”,即下载查看序列等功能,结果如图所示:

    先对上面这张图做点简要的说明,在Sequence Format(序列输出格式)后面是一个下拉式选择菜单,默认的为FASTA格式,还有一个是GenBank格式。我推荐大家选择GenBnak格式,因为这个格式提供了很多该基因的信息,而FASTA格式只有基因序列。


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   作者: urbest


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