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转录组即特定组织或细胞在某一功能状态下转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。转录组测序是基因结构和功能研究的基础。基于新一代高通量测序技术的转录组测序，已广泛应用于生物学研究、医学研究、临床研究和药物研发等。

1． 实验流程

提取样品总RNA后，用带有Oligo（dT）的磁珠富集真核生物mRNA（若为原核生物，则用试剂盒去除rRNA后进入下一步）。加入fragmentation buffer将mRNA打断成短片段，以mRNA为模板，用六碱基随机引物（random hexamers）合成第一条cDNA链，然后加入缓冲液、dNTPs、RNase H和DNA polymerase I合成第二条cDNA链，在经过QiaQuick PCR试剂盒纯化并加EB缓冲液洗脱之后做末端修复、加poly（A）并连接测序接头，然后用琼脂糖凝胶电泳进行片段大小选择，最后进行PCR扩增，建好的测序文库用Illumina HiSeq^TM 2000进行测序。

2． 标准信息分析流程

3．技术特点

4．应用

功能基因的筛选

分子标志和药物靶点的筛选鉴定

药理与毒理学研究

生物代谢调控研究

疾病分型研究

5．我们已完成的研究项目

6．应用转录组测序技术发表的文章

[1] Guojie Zhang, Guangwu Guo, Xueda Hu, et al. Deep RNA sequencing at single base-pair resolution reveals high complexity of the rice transcriptome. Genome Res. 2010, 20(5): 646-54.

[2] Michael F. Berger, Joshua Z. Levin, Krishna Vijayendran, et al. Integrative analysis of the melanoma transcriptome. Genome Res. 2010, 20: 413-427.

[3] Sergei A. Filichkin, Henry D. Priest, Scott A. Givan, et al. Genome-wide mapping of alternative splicing in Arabidopsis thaliana. Genome Res. 2010, 20: 45-58.

[4] Ian A. Graham, Katrin Besser, Susan Blumer, et al. The genetic map of Artemisia annua L. identifies loci affecting yield of the antimalarial drug Artemisinin. Science, 2010, 327(5963): 328 - 331.

[5] Nallasivam Palanisamy, Bushra Ateeq, Shanker Kalyana-Sundaram, et al. Rearrangements of the RAF kinase pathway in prostate cancer, gastric cancer and melanoma. Nature Medicine, 2010, 16:793-798.

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