发布日期: 2006-01-04 18:55 | 文章来源: 计算机与医学、生物学软件 |
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raswin,是RASMOL的windows版本。主要用来看分子三维模型 (*.pdb文件)。该软件功能强大,但很多命令要用命令行进行操作。下面,就raswin 2.7.2.1为例,开始我们的两分钟StepByStep之旅,一起学会三维结构观看软件raswin的基本使用。
软件及相关资源获得
下载地址:
http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-bin/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1.MSWIN/raswin.exe
http://www.mirror.ac.cn/biosoft/down/raswin.exe
相关资源[RasMol 2.7汉化完全版 包括帮助文件的汉化(但中文版似乎不能同时显示两个分子)]
http://www.bio-soft.net/3d.html
http://www.mirror.ac.cn/biosoft/3d.html
启动程序
我们可以看到以下两个窗口,黑的是图形界面,白的是命令行界面。
首先用图形界面窗口打开pdb文件(点击file---open)
我这里打开个pdb文件:pdb1r9o.pdb,是x光衍射得到的cyp2c9酶的结构
已有pdb文件 的权威数据库网址:
http://www.rcsb.org/pdb/index.html
如图所示
默认是wireframe的显示模式
改成strands显示模式
按住shift键向上脱动鼠标以放大
拖动鼠标以旋转分子角度
右键拖动鼠标以移动分子
如图:
问题来了:cyp2c9酶里面的朴琳环哪去了?
下面要用到命令窗口了,
在命令窗口输入如下命令:
select hetero
来选择杂原子
回到视图窗口
选择display--sticks模式,可见杂原子显现出来:一个浦琳环,一个底物,一个甘油
这是因为,对小分子来说,只有Wireframe与Sticks两种模式可以正常显示
此时选定的还是杂原子
在命令行输入
color red, 把杂原子涂红
作者: yunxiang
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