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MicroRNAs（miRNAs）是生物体内源长度约为22个核苷酸的非编码小RNA，通过与靶mRNA的互补配对在转录后水平上对基因的表达进行调控。在植物中主要是通过与靶基因进行完全或近乎完全的配对导致mRNA的降解来进行调控，在动物体内以抑制基因翻译居多，同时也存在部分对靶基因的剪切降解作用^[1] 。

降解组测序（Degradome Sequencing）主要针对miRNA介导的剪切降解片段进行测序，从实验中筛选miRNA作用的靶基因，并结合生物信息学分析优势，确定降解片段与miRNA精确的配对信息。该技术能够对细胞或者组织中由miRNA介导mRNA降解的剪切片段进行深度测序分析，准确高效地筛选出miRNA的靶基因，为研究miRNA以及其对应的靶基因的相互关系提供了有效的手段。

一、技术流程：

二、信息分析流程

具体的生物信息分析如下：

1. 降解片段在选定的基因组上的分布

2. 鉴定样品中的rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、polyN等非编码RNA

3. 鉴定样品中表达的靶mRNA

4. 统计mRNA的降解位点信息

5. 从miRBase指定范围，寻找与降解的mRNA相关的miRNA，并作出示意图

三、技术优势

♦ 高通量：一次测序得到1000万条以上的序列

♦ 准确性高：从几个到数十万个拷贝的精确计数

♦ 高分辨率：可以检测单碱基差异

♦ 重复性好：深度测序保证了检测随机性，不需要技术重复

♦ 一站式服务：提供从miRNA鉴定、靶基因筛选到基因差异表达研究的完整解决方案

四、应用领域

五、参考文献：

[1] Fedor V. Karginov, Sihem Cheloufi, et al. Diverse Endonucleolytic Cleavage Sites in the Mammalian Transcriptome Depend upon MicroRNAs, Drosha, and Additional Nucleases.Molecular Cell ,2010(38):781-788

[2] German MA, Pillay M, Jeong DH, Hetawal A, et al. Global identification of microRNA-target RNA pairs by parallel analysis of RNA ends. Nat Biotechnol. 2008, 26(8):941-946.

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