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   Moderler是一个自动化的同源模建工具，主要利用一个或者多个模板获得空间限制的概率密度函数来进行模建，这样可以同时参考多个结构，在多个限制的前提下用conjugate gradient和模拟退火优化的方式生成最终结果。

   1.  首先用Align_Structure将多个模板叠和：开始是用progressive pairwise sequence alignment method进行多序列排列，然后用iterative least-squares superposition来对结构进行叠和，最终的结果作为作为多个模板的结构alignment

   2.  将Sequence和模版进行叠和

   3.  产生模建结构（拘束被构建成为概率密度函数，包括以下约束：atom-atom repulsions; distance between Ca atoms; distance between main chain N and O atoms; main chain conformation; side chain conformation restraint et.al）

   4.  基本命令流程如下：

   a）用以下的几个命令之一来进行结构联配，不需要建立box

      i.  Alignment->Align123

      ii.  Alignment->Multiple_Sequence

      iii.  Moderler->Align2D

   b）构建结构并优化loop

      i.  Moderler->Build_Model

      ii.  Moderler->Refine_loop

   c）评价结果：结果中并不是所有的限制的可以满足，因此在每个残基上的冲突将被总结，并且给出整个结果结构的质量评价。具有较低冲突的模型具有更高的可信度。

      i.  Load_Models建立一个sheet,包括了所有产生的model，每个model的各种残基的冲突值，每个model的对象函数打分（对于生成同一套限制的model，较小的打分值有更合理的可信度）

      ii.  Load_Violations创造多个sheet，每个包含一个类型的限制，并用颜色在model上表示出冲突的程度。

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