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基因芯片的缺点和不足：

基因芯片技术是具有并行、高通量和快速的特点，但是它也有一定的缺点，因为灵敏度高可能就会导致准确度的下降。目前，只有芯片结果而无northern杂交和RT-PCR的佐证的文章很难在高质量的期刊发表。正确的做法是用芯片结果进行筛选，得出有意义的基因，再进行BLAST同源性比对，northern杂交和RT-PCR或SSH进行验证。只有这样的研究才具有比较严密的科学性。

做药物处理后肿瘤基因表达分析，1、药物处理前后对照的芯片数据是必备的。2、最好选出几个感兴趣的基因进行分析，3、BLAST同源性比对，northern杂交和RT-PCR或SSH进行验证是必须的。

芯片技术是比较新的而且快捷的技术，尤其是在获取细胞内基因和蛋白质的表达谱信息上，具有很大的优势。但是缺点很多：
缺点一，可重复性差，假阳性/阴性比较多。
缺点二，获取的信息比较纷杂，判断的标准不一而足。如何准确的获得有用的信息，才是芯片技术真正的难点和重点。
缺点三，必须结合其他的试验技术加以佐证才行，这就说明芯片技术的不成熟性。芯片技术定量上比不上半定量RT-PCR和定量的real-time PCR，定性上不如RNA杂交，蛋白质杂交。
因此芯片技术的重要性甚至比不上PCR技术，而且目前芯片被滥用，更是不可取的。如果芯片技术不加以改进和优化，它的应用前途将是暗淡的。

差异显示技术和基因芯片技术的不同之处

mRNA差异显示技术基本上是全基因扫描，而基因芯片技术一般只是对有限基因进行扫描；mRNA差异显示技术和基因芯片技术在实验设计的差别主要还是在后续的验证实验上，前期大家都是一样的，选择对照和实验组而已；相对而言基因芯片技术对于实验设计来说是比较灵活的，特别是进行多样本比较时更是这样了，而且成本也低，实验进度也快，最多一个月的时间就会有象样的结果出来，并且实验结果是数据话的，分析中的花头也就更多一些了；差异显示前期工作简便、快速，但是后续工作比较不好做，例如，需要从凝胶中回收差异片断，这时候就容易产生假阳性片断，而且这种假阳性几乎不能避免。

基因芯片一般情况需要前期定制探针，这种方法可能不能筛选到新的基因，但是得到的差异基因是肯定的，可以找出对应的探针序列进行进一步分析。也可以考虑使用类似差异显示的基因芯片方法，也就是尽可能多的获得cDNA探针，可以通过对文库克隆来扩增插入序列。

组织芯片

一、组织芯片的概念：

组织芯片技术是90年代末期才刚刚兴起的高科技生物技术，它是将数十个甚至数千个不同个体的组织标本集成在一张固相载体上所形成的组织微阵列生物芯片，简称组织芯片，是DNA芯片技术的发展和延伸。组织芯片为医学分子生物学特别是分子流行病学提供了一种高通量、大样本以及快速的分子水平的分析工具。它克服了传统病理学方法和DNA芯片技术中存在的某些缺陷，使人类第一次有可能利用成百上千份自然或处于疾病状态下的组织标本，同时研究某一个特定基因和基因所表达的相应产物，这对人类后基因组学的深入研究与发展，特别是对研究特定基因及其所表达的蛋白质与疾病之间的相关关系，疾病的分子诊断、预后指标的确定、治疗靶点的定位、治疗效果的预测、抗体和药物的筛选以及基因治疗的研发等方面均有着十分重大的实用价值。组织芯片技术可以广泛地与DNA、RNA、蛋白质、抗原、抗体、细胞、微生物、传统的病理学技术、组织化学、免疫组织化学、原位杂交、原位PCR、原位RT-PCR、原位DNA合成等技术相结合，分别在基因、转录和表达产物的生物学功能这三个水平上进行研究。组织芯片技术的广泛应用将会极大地促进现代医药学、基因组学和后基因组学研究的深入发展，并有可能出现人类医学研究史上的重大突破。

二、组织芯片产品的特点：

基因芯片和蛋白芯片是研究同一种细胞中成千上万个基因或蛋白分子变化的情况，而组织芯片则是研究同一种基因或蛋白分子在成千上万种细胞或组织中表达的情况。所以，组织芯片技术不但是传统病理学技术的进一步发展，也是基因芯片和蛋白芯片的进一步延伸。组织芯片技术具有如下优点：

1、高通量：一次检测可获取大量的生物学信息；

2、大样本：一次实验可分析成百上千种同一或不同疾病的组织标本；

3、省时快速：1-2周之内可完成数千个组织标本的数十个基因表达或蛋白分子的定位、定量、定性分析：

4、简便经济：是传统病理学方法所需费用的1/10-1/100；

5、用途广泛：即可用于基础研究，也可用于临床研究。可用于分子诊断，预后指标筛选、治疗靶点定位、抗体和药物筛选、基因和蛋白表达分析等等；

6、结果可靠： 一次实验即可完成数千个组织标本的分析，故无批内和批间误差，实验结果更为准确可靠；

7、便于设计实验对照；

8、可进行自动化分析：用特殊的扫描和分析仪器即可对组织芯片进行自动化分析；

9、与其他生物技术如蛋白芯片相结合，即可组成免疫组化细胞表型检测分析系统；与基因芯片相结合，即可组成完整的基因表达分析系统。

三、组织芯片产品的应用领域

组织芯片技术和其产品的应用市场，实际上涵括了整个生命科学中各个基础研究、临床研究、应用研究以及药物开发的相关领域。用组织芯片技术可以进行常规病理学的HE染色、各种免疫组织化学染色、原位杂交、荧光原位杂交、原位PCR、原位RT-PCR、和寡核苷酸启动的原位DNA合成（PRINS）等等。其潜在的应用机构包括与生物和医学相关的各大专院校、各生物医学研究机关、各级各类医院、各种生物工程公司、各种制药企业、各种药物开发公司、各种动物检疫部门、各种动物疾病研究机构、各种动物性药物研发公司等等；其潜在的应用人群包括与生物和医学相关的各级各类教授、研究员、医生、各级各类在校大学生、硕士研究生、博士研究生和博士后研究生等等。


编辑：bluelove