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分子生物学主要致力于对细胞中不同系统之间相互作用的理解，包括DNA，RNA和蛋白质生物合成之间的关系以及了解它们之间的相互作用是如何被调控的。而流式细胞仪是测量液相中悬浮细胞或微粒的一种现代分析技术。其特点是：一.可高效对单个颗粒进行数据分析，呈现出个体的活动分布；二.流式细胞仪的分析是多参数 ，有能力对同一个微粒进行多方面的考量；三.流式细胞仪分析活体细胞，反映了分子在细胞中天然存在时的生物学表现；四.流式细胞仪可以对感兴趣的单个微粒进行分选，从而获得单细胞组中的完整分子信息。

目前流式细胞仪主要是致力于研究细胞生物学方向的研究，但过去十年中分子生物学领域的新研究方法出现，使流式细胞仪在分子生物学的应用显著增加，流式细胞仪已经成为分子生物学研究中重要的研究工具。