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全基因组重测序是对基因组序列已知的个体进行基因组测序，并在个体或群体水平上进行差异性分析的方法。随着基因组测序成本的不断降低，人类疾病的致病突变研究由外显子区域扩大到全基因组范围。华大基因将构建不同长度的插入片段文库和短序列、双末端测序相结合的策略进行高通量测序，实现在全基因组水平上检测疾病关联的常见、低频、甚至是罕见的突变位点，以及结构变异等，具有重大的科研和产业价值。

1、主要流程：

客户基因组DNA样本寄送，我们对DNA样本的质量进行检测，检测合格后进行基因组DNA片段化，电泳回收所需长度的DNA片段后，加上接头进行Cluster制备，最后上机测序。

华大采用Illumina Hiseq 2000和ABI SOLiD^TM4.0 测序平台进行全基因组的高通量测序。对于全基因组测序来说，通常采用小片段文库，双末端测序，读长为91bp。为获得更准确的序列信息，建议所有样品的平均测序深度至少为10-20×。具体流程如图1所示：

2、生物信息学分析

测序完成后，经过滤接头等污染后获得的reads，运用SOAP aligner软件比对到参考基因组上，进行测序深度、覆盖度及均一性等产出数据的质量评估。对获得的数据进行标准流程下的信息分析，可以得到大量的单核苷酸多态性（SNP），插入缺失突变（InDels），结构变异（SV)，拷贝数变化(CNV)等分析结果，利用生物信息分析对基因间的差异进行注释，最后寻找与疾病关联突变信息。另外，还能够根据已有数据库的信息对表型或疾病风险进行评估（使用HGMD的数据库）。具体分析内容如图2所示。

3、华大案例

华大基因对于全基因组重测序有丰富的经验（表1），如炎黄一号（The diploid genome sequence of an Asian individual）以封面文章发表在Nature上，该文章通过重测序发现了307万例单核苷酸多态性位点，13.5万核苷酸插入与缺失变异及2600例大片段DNA结构变异，阐述了中国人基因组结构特异性，对中国人与白种人基因组序列差异进行了比较，为常见疾病风险预测提供了大量数据；2008年华大与Sanger中心以及NHGRI合作启动了国际千人基因组计划，利用新一代测序技术对全世界的主要人种进行重测序。

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