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 人类的第二套基因组

人体微生物作为人类的第二套基因组，与人类的健康和疾病有着紧密的联系，采用新一代高通测序技术：

► 对124个欧洲人肠道微生物进行宏基因组测序研究（图1 b），共获得576.7G的数据量，采用自主研发的SAOP denovo进行组装，contigN50长度达到2.2Kb（图1a）。找到了约330万的非冗余基因，其中78%是新发现的。构建的基因集大约是人类基因的150倍之多，包含了大量常见的肠道微生物基因。

► 超过99%的基因来自细菌，共发现1000至1150种常见细菌，平均每个个体至少包含160种，发现了丰度最高的57种人肠道细菌（图1c），定义了发挥功能的最小肠道宏基因组和最小肠道细菌基因组（图2b），分析还发现人肠道微生物与人肠道在KEGG代谢通路上存在功能互补（图2a）。

►通过PCA分析，非常清晰的将健康个体及溃疡性肠炎患者的肠道微生物与节段性肠炎患者肠道微生物分离开，证实了健康个体与肠炎患者的肠道微生物种类存在差异，这一结论与2006年Manichanh等的研究结果一致。

该文于2010年3月以封面期刊发表在Nature杂志，通过宏基因组研究，可以获得肠道微生物的菌群结构，代谢网络，功能基因等信息，多样本的对比研究还能阐释肥胖，慢性腹泻，肠炎，肠癌，糖尿病等疾病和健康的关系。