StepByStep学习核酸序列分析软件DNAssist1.0
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| 发布日期: 2006-12-13 00:01 | 文章来源: 丁香园 |
关键词:
核酸序列分析软件
DNAssist1.0
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我始终抱着这样的想法，“一个例子学会一个软件的基本使用”。其实用几分钟就可以学会那些我们经常需要使用的功能。感谢jnuxz和zyh961171网友的加盟，让我们把领初学者进门的努力进行到底！
做DNAssist的StepByStep的时候，我想起了刚上博士的时候在实验室里，我们拿到测序结果时，通常要找个师兄弟，一个人“ATGC……”地高声念着期望的序列，一个人听着，“塔塔塔……啪”地三下光标一下空格键地把测序结果分成一个个密码子，看碱基序列和阅读框有没有出现错误。每当有节奏的“塔塔塔……啪”的声音响起，我们就知道，又有人的测序结果来了。那里可是一个巨牛的实验室啊！直到有一天有个人不经意地说，有个软件可以对测序结果的……
DNAssist可不仅仅是对测序结果的。它处理我们平常需要的一些关于DNA，RNA和蛋白质的基本数据，对表达非常有帮助。这里用一个例子来说明它的功能。主要演示①对测序报告（序列比对）；②DNA的物化性质、限制性酶切位点图谱分析；③分析蛋白质的物化性质、抗原性、疏水性。
1. 安装好DNAssist1.0后，从开始/程序中打开这个软件。
做DNAssist的StepByStep的时候，我想起了刚上博士的时候在实验室里，我们拿到测序结果时，通常要找个师兄弟，一个人“ATGC……”地高声念着期望的序列，一个人听着，“塔塔塔……啪”地三下光标一下空格键地把测序结果分成一个个密码子，看碱基序列和阅读框有没有出现错误。每当有节奏的“塔塔塔……啪”的声音响起，我们就知道，又有人的测序结果来了。那里可是一个巨牛的实验室啊！直到有一天有个人不经意地说，有个软件可以对测序结果的……
DNAssist可不仅仅是对测序结果的。它处理我们平常需要的一些关于DNA，RNA和蛋白质的基本数据，对表达非常有帮助。这里用一个例子来说明它的功能。主要演示①对测序报告（序列比对）；②DNA的物化性质、限制性酶切位点图谱分析；③分析蛋白质的物化性质、抗原性、疏水性。
1. 安装好DNAssist1.0后，从开始/程序中打开这个软件。
2.打开后的界面如图。
3. 现在我们来进行一个序列比对（Align）。我常这样对比测序报告；或看某个基因在融合蛋白基因的哪个位置等。这里说对测序结果。建立一个新的DNA序列，即file/new/DNA。然后把预期的DNA序列（如AB-CTB）拷进去。注意：只能是纯粹的ATGC，而不能有空格和其他字母，否则不能拷贝进去！
4.再同样新建一个DNA序列，把测序结果拷贝进去（自动编为sequence 0）。也要注意同上！因为测序结果里面有N，必须把这些N去掉，一个不剩，否则拷不过去！如果觉得好长的结果里面才有一个N而舍不得把序列都删掉的话，就把它换成ATGC中的一个就可拷贝了，不过要自己记住。
5.序列比对。用工具栏Analyze/Align...命令，出现Align sequences 窗口。将这两个序列的名称都点一下，选中，然后单击Align。
6. 哇！怎么这样啊！这么多没有对上？！再去看测序结果和原来从NCBI上找到的序列对不对……原来是用的反向测序，我们需要用反向互补序列来对结果。
7. 将测序结果（sequence 0）全部选中，用Convert/Reverse-complement（反向互补）命令把它换过来。
8. 然后再进行Analyze/Align……紫红色部分都是序列相同的。前面是几个是先头几个测序不太准的，不管它。中间有一个C变成了A，是我做的突变。
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作者: palmyard
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