染色质免疫共沉淀可以:
(1)组蛋白修饰酶的抗体作为「生物标记」;
(2)转录调控分析;
(3)药物开发研究;
(4)DNA 损失与凋亡分析。
实验步骤:
一、细胞的甲醛交联与超声破碎( 第一天)
1. 取出 1 平皿细胞(10 cm 平皿),加入 243 ul 37% 甲醛,使得甲醛的终浓度为 1%(培养基共有 9 ml)。
2. 37℃ 孵育 10 min.
3. 终止交联:加甘氨酸至终浓度为 0.125 M。450 ul 2.5 M 甘氨酸于平皿中。混匀后,在室温下放置 5 min 即可。
4. 吸尽培养基,用冰冷的 PBS 清洗细胞 2 次。
5. 细胞刮刀收集细胞于 15 ml 离心管中(PBS 依次为 5 ml,3 ml 和 3 ml)。预冷后 2 000 rpm 5 min 收集细胞。
6. 倒去上清。按照细胞量,加入 SDS Lysis Buffer。使得细胞终浓度为每 200ul 含 2×106 个细胞。这样每 100 ul 溶液含 1×106 个细胞。再加入蛋白酶抑制剂复合物。假设 MCF7 长满板为 5×106 个细胞。本次细胞长得约为 80%。即为 4×106 个细胞。因此每管加入 400 ul SDS Lysis Buffer。 将 2 管混在一起,共 800 ul。
7. 超声破碎:VCX750,25% 功率,4.5 s 冲击,9 s 间隙。共 14 次。
二、除杂及抗体哺育(第一天)
1. 超声破碎结束后,10 000 g 4℃ 离心 10 min。去除不溶物质。
2. 留取 300ul 做实验,其余保存于-80℃。
3. 300 ul 中,100 ul 加抗体做为实验组;100 ul 不加抗体做为对照组;100 ul 加入 4 ul 5 M NaCl(NaCl 终浓度为 0.2 M),65℃ 处理 3 h 解交联,跑电泳,检测超声破碎的效果。
4. 在 100 ul 的超声破碎产物中,加入 900 ul ChIP DilutionBuffer 和 20 ul 的 50×PIC。
再各加入 60 ul ProteinA Agarose/SalmonSpermDNA。4℃ 颠转混匀 1 h。
5. 1 h 后,在 4℃ 静置 10 min 沉淀,700 rpm 离心 1 min。
6. 取上清。各留取 20 ul 做为 input。一管中加入 1 ul 抗体,另一管中则不加抗体。4℃ 颠转过夜。
三、检验超声破碎的效果(第一天)
1. 取 100 ul 超声破碎后产物,加入 4 ul 5M NaCl,65℃ 处理 2 h 解交联。
2. 分出一半用酚/氯仿抽提。电泳检测超声效果。
四、免疫复合物的沉淀及清洗(第二天)
1. 孵育过夜后,每管中加入 60 ul ProteinA Agarose/SalmonSperm DNA.4℃ 颠转 2 h。
2. 4℃ 静置 10 min 后,700 rpm 离心 1 min。除去上清。
3. 依次用下列溶液清洗沉淀复合物。清洗的步骤:加入溶液,在 4℃ 颠转 10 min,4℃ 静置 10 min 沉淀,700 rpm 离心 1 min,除去上清。
洗涤溶液:
(1)low salt wash buffer-one wash
(2)highsalt wash buffer-one wash
(3)LiCl wash buffer-one wash
(4)TE buffer-two wash
4. 清洗完毕后,开始洗脱。
洗脱液的配方:100 ul 10%SDS,100 ul1M NaHCO3,800 ul ddH2O, 共 1 ml。
每管加入 250 ul 洗脱 buffer, 室温下颠转 15 min, 静置离心后,收集上清。重复洗涤一次。最终的洗脱液为每管 500 ul.
5. 解交联:每管中加入 20 ul 5M NaCl(NaCl 终浓度为 0.2 M)。
6. 混匀,65℃ 解交联过夜。
五、DNA 样品的回收(第三天)
1. 解交联结束后,每管加入 1 ul RNaseA(MBI),37℃ 孵育 1 h。
2. 每管加入 10 ul 0.5 M EDTA,20 ul1M Tris.HCl(PH6.5),2 ul 10 mg/ml 蛋白酶 K.45℃ 处理 2 h。
3. DNA 片段的回收----omega 胶回收试剂盒。最终的样品溶于 100 ul dd H2O。
六、PCR 分析 (第三天)