手把手教你使用Imagepro-Plus（四）——计数
其实在前面的操作中，我们经常是在计数。当我们点击count的时候，就是在计数，不过当时的主要目的不是为了计数，而是为了进行一些其他的测量。
我在实际工作中很少用这个程序来计数，原因是---不实用。这并不是软件的功能问题，而是拍摄照片的问题。因为没作过具体的计数分析，因此这一主题写起来就有点尴尬了。只能看看那些功能能用来计数吧。
最简单的数细胞的工具是measure--measurement窗口，下图中左边红线框住的工具就是计数的工具。这很象我们在镜下手工计数，认为那个地方有细胞，就在那里点一下作个标记，这样就不会重复数，也不会漏数。当图片中的细胞数目多得一眼看不出有多少个，但同时也不是多得密密麻麻的时候，比如几十个吧，用这招最简单。
好象这样计数不正规呀，最好是电脑点一下就能算出数来是最好的。那还是用count/size工具吧。这张荧光镜下照片中细胞闪闪发亮。所以选择计数测量时可以让电脑自动选取亮物体作为识别标志。点一下automatic bright objects，再点count。调出statistics窗口就可以看到自动计数结果了。可是它数得准确吗？有156个细胞？数多了吧？
下一个招数是过滤，把错误计算进去的计数给过滤掉。
图片中的细胞都有一定大小，那些只有几个像素的小绿点显然不是一个细胞。因此可以对每个object的面积大小进行过滤，小于一定面积的就不是一个细胞。调出count/size中的select measurement窗口，点一下中间filt range窗口中的area，再点一下下面的edit range按纽，调出来edit range窗口。在这个窗口里上面有一个范围选择图表，表内左右两端各有一条竖线，分别是范围选择的上限和下限，可以用鼠标拖动的，把这两条线往中间拖，就减小的选择范围。此表的横坐标数是面积的象素值，纵坐标是对应像素值面积有多少个object。图表下面有两个数值选择框，是两条选择线的具体数值，也可以在这里选择过滤数值范围。再下面是统计数据，可以动态地看到过滤后的计数统计结果。display filled是显示图片中的object标志的，如果选中此项，每个选中的object都显示成一个红巴巴，否则就只用边缘线框起来。图中可以看到，如果把面积下限定到100象素，就只剩下16个细胞了。当调整过滤数值时，图片上的object标志也会动态地显示，过滤掉的object会立即消失。
还有问题。
图片中有两个细胞紧挨在一起的，被识别成一个object了。而另外还有细胞因为太暗，被识别成两个甚至更多的object了。这只能用人工把它们分开或合并。在count/size窗口的edit菜单下，上面的几个split命令就是用来分割连在一起的object的。auto split 与watershed split都是自动分割，操作简单，但很少分成准确。split是手工分割，点此后出现一个小窗口，用鼠标在相连的两个object的连接处划一条短线，将两个分开，再点一下右键就行了。把图片上所有相连的object全分割后再点一下小窗口的OK按纽。再回去count一遍，分割就生效了。limited watershed split也是手工法分割。这种分割方法是半自动的。道理有点象涨大水。两个挨着的山峰，在山脚处是相连的，如果山下涨了洪水，这两座山峰就会彻底被水隔开了。但是水涨多高才能把两个山峰隔开呢？这个limited就是让你自己掌握涨水的程度。以便分割得更准确。按照说明书的意思，需要输入的数值是涨水最多淹没多少象素的数值。
有挨在一起的细胞，就有一个细胞被识别成两个以上object的。用手工将它们合并的命令是Draw/merge objects。这跟split的操作类似，只是不划线，而是画一个圈，把几个本应在一起的Objects围起来就行了。
看到这里，是不是觉得很麻烦？鼓捣了半天，真还不如在显微镜下拿着计数器去数呢。其实这里的问题在于拍摄照片，如果能拍摄出清晰的细胞照片，没有渣点，细胞分布也很均匀，用IPP来数密密麻麻的细胞还是能作到的。如果图片中有两类不同的细胞，IPP也能进行分类计数。class的意思就是分类。但前提是照片中的两类细胞得有明显的区别，比如颜色不同、大小不同或亮度不同。这个麻烦事以后再谈吧。
刚才的图片中有一些比较暗的细胞没有被计算进去，可见auto bright object并不灵验，还得用segmentation工具来选色呀，看看这回的计数效果吧。具体作法大家当作作业自己试试吧，我是用吸管工具来选色的，
这张图片大家很熟悉吧？里面有红绿两种颜色的细胞，可以用分类计数的方法同时对两种细胞进行计数。计算结束是看range statistics。里面给出了两类细胞的计数比例。
好啦，这个主题就到此为止吧。如果你想用IPP来进行细胞计数的话，一定要照下清晰干净的照片再来处理。否则会累死你。
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编辑: bluelove 作者:hbchendl
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