表观基因组学测序样品质量要求
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发布日期: 2010-11-16 22:25 文章来源: 丁香园
关键词: 华大基因 表观 基因组 点击次数:

 一、 Bisulfite Sequencing(Bisulfite-seq)样品要求

1. 样品类型:DNA 样品;

2. 样品的量:依单个样品所需数据量而定


 

3. 样品纯度:OD260/OD280:1.8~2.0;

4. 完整性:DNA 无明显降解,需提供电泳胶图。

二、 MeDIP Sequencing(MeDIP-seq)样品要求

1. 样品类型:DNA 样品;

2. 样品的量(单次):≥ 5μg(请尽可能提供较多的样品);

3. 样品纯度: OD260/OD280:1.8~2.0;

4. 完整性:DNA无明显降解,需提供电泳胶图。

三、 ChIP Sequencing(ChIP-seq)样品要求

 • ChIP实验由合作伙伴完成,请提供:

1. 样品类型:DNA 样品;

2. 样品总量(单次):≥ 10 ng(请尽可能提供较多的样品);

3. 样品纯度: OD260/OD280:1.8~2.0

4. 样品浓度:≥5 ng/μl;

5. DNA片段大小:分布在100~500 bp范围,且主带明显。请提供DNA打断后的检测胶图以确定DNA片段大小是否符合要求。

6. 其他:请附加一份详细的样品信息单和提供ChIP后的q-PCR验证结果。

• ChIP实验由BGI 完成,请提供:

1. 样品类型:细胞系;

2. 细胞个数(单次ChIP):≥5×107个(与人类基因组大小类似的物种,5×106可以考虑建库,请尽可能提供较多的细胞)

3. 细胞需进行预处理,BGI 已经建立了2种不同的ChIP实验平台满足不同实验的需求,预处理步骤分别如下:

Cross-linking Chromatin Immunoprecipitation (X-ChIP)送样前的处理:

1. 每一次ChIP实验至少需要 5×107个(与人类基因组大小类似的物种,5×10 6可以考虑建库)培养的细胞,以尽可能保证ChIP所得到的DNA量足以进行后续的测序文库构建。除此之外,还请提供一管专用于样品检测的细胞,大约为正式实验所需细胞量的 1/10即可。

2. 用PBS 缓冲液(pH 7.4)新鲜配制浓度为 1%的甲醛溶液,37℃水浴锅预热待用。

3. 弃除细胞培养液,加入预热的甲醛溶液,37℃放置10 min(建议水平摇床)。

* 对于悬浮培养的细胞,则建议800 g离心1 min后,吸去培养基上清,加入预热的甲醛溶液,重悬细胞后37℃放置10 min(建议垂直旋转摇床)。

4. 弃除甲醛溶液,分别用预冷的1×PBS+BSA(5 mg/ml)缓冲液及预冷的1×PBS缓冲液清洗细胞各一次,吸去上清。

* 对于悬浮细胞,均通过800 g离心1 min的方法进行洗涤,去除上清后加入新的溶液重悬细胞。

5. 滴加 500 μl冰预冷的 PBS 完全液(PBS+1×Protein Inhibitor Cocktail)至细胞培养皿中,然后将所有细胞转至 EP管中。

6.800 g离心 1 min,去除上清后-80℃冻存,或干冰送样至BGI。

Native Chromatin Immunoprecipitation (N-ChIP)送样前的处理:

1. 每一次ChIP实验至少需要 5×107个(与人类基因组大小类似的物种,5×106可以考虑建库)培养的细胞,以尽可能保证ChIP所得到的DNA量足以进行后续的测序文库构建。除此之外,还请提供一管专用于样品检测的细胞,大约为正式实验所需细胞量的 1/10即可。

2. 吸去细胞培养皿中的培养基。

3. 分别用预冷的1×PBS+BSA(5 mg/ml)缓冲液及预冷的1×PBS缓冲液清洗细胞各一次。

* 对于悬浮细胞,则采用800 g离心1 min去除培养基或PBS的方法进行处理。

4. 滴加 500 微升冰预冷的 PBS 完全液(PBS+1×Protein Inhibitor Cocktail)至细胞培养皿中,然后将所有细胞转至 EP管中。

5. 800g离心1 min,去除上清后-80℃冻存,或干冰送样至BGI。

注意:

1) 注意:BGI 将采用QUBIT 对 DNA样品进行检测, 最终DNA量以BGI的检测结果为准。

2) 若DNA总量超过样品要求,可以进行样品备份

3) 项目完成后,将不再保存剩余样品。


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