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I 甲基化芯片分析内容

                   
  II 甲基化芯片分析示

1、筛选差异位点

                          
结果形式：

结果说明：

实验组与对照组之间的差异甲基化分析采用T检验对每个甲基化位点的探针进行检验，实验组样本Diffscore值小于‐13或大于13，且Delta_ Beta大于0.17或小于-0.17，即为甲基化差异位点。值为负值，表示与对照组相比为低甲基化位点，正值为高甲基化位点。

2、差异整合分析

结合本课题的研究目的，抗癌新型抗癌药物所特异作用的靶标就即为“5”所产生的gene list。后续分析针对该位点集进行深入分析。

结果形式：

结果说明：

        

3 非监督层次聚类分析

将差异整合分析得到的“5”list在各个样本中的信号值进行聚类，通过聚类发现这些位点在组间的甲基化趋势是完全不同的。

结果形式：

结果说明：

色阶表示位点甲基化程度从相对低（绿）到相对高（红）变化。行名代表样本名称，列名代表探针名称。

4  样本主成分分析（PCA）

将差异整合分析得到的“5”list进行PCA分析，同色标记代表了组内的每个样本。通过PCA分析，各组样本分布在三维空间的不同区域，同色标记在空间分布比较集中，说明这些位点选取具有代表性。

结果形式：

结果说明：

红色：新型抗癌药物处理样本

蓝色：常规抗癌药物处理样本

棕色：对照组样本

5 GO富集度分析

将差异整合分析得到的“5”list进行GO分析，发现GO:0055085 transmembrane transport 这一条目富集显著性最高（PValue = 7.13e-03），即该生物学过程有最大可能与抗癌新型抗癌药物的特异性作用相关。

结果形式：

结果说明：

甲基化差异的基因被GO数据库注释的有86条，对于GO:0055085 transmembrane transport这一生物学过程，“5”list中的甲基化差异基因落到该条目的位点有10条，整张芯片在该条目中共有670个基因。整张芯片被GO数据库注释的有14200条。这10个基因分别为：sideroflexin 2transient receptor potential cation channel， subfamily M， member 6G protein-coupled receptor 155GNAS complex locusATP-binding cassette， sub-family B (MDR/TAP)， member 5aquaporin 6， kidney specificsolute carrier family 9 (sodium/hydrogen exchanger)， member 4protein kinase， cAMP-dependent， catalytic， betasolute carrier family 2 (facilitated glucose transporter)， member 3solute carrier family 16， member 4 (monocarboxylic acid transporter 5)。

6 KEGG PATHWAY富集度分析

将差异整合分析得到的“5”list进行KEGG富集分析。富集结果表明，新型抗癌药物作用下的特异性甲基化基因主要参与了细胞周期、内质网蛋白合成等生物学途径，该药物的作用机理可能是通过调节这些生物学通路来治疗癌症。

7 KEGG PATHWAY图
 

在这些生物学通路中，T cell receptor signaling pathway这一条目富集显著性最高（PValue =5.38e-05）。针对该结果，将特异性甲基化基因映射到该生物学通路中，红色表示落在该PATHWAY中的特异甲基化基因蛋白产物，白色表示该生物学通路的其他基因蛋白产物。