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引物设计的好坏与PCR结果的成败之间相关，一个好的建议是最好利用各种PCR引物设计软件来辅助引物的设计。大部分这类引物设计软件都可以计算引物的解链温度（Tm），确定引物内或引物间是否存在碱基配对互补区，并计算PCR产物的预计大小。一旦知道了引物的Tm值，即可预估PCR实验中所用的最佳退火温度。

几个引物设计工具：

PerlPrimer 开源、可下载的引物设计软件
      http://perlprimer.sourceforge.net

Primer3 开源引物设计软件，提供下载版或网络版
      http://primer3.sourceforge.net

Primer-BLAST 网络引物设计软件，整合Primer3和BLAST功能
      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast

PrimerX 网络上设计用于位点介导突变的引物
      http://bioinformatics.org/primerx/index.htm