DNA Microarray——核酸版明星技术（六）
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基因芯片研究服务常见问题
1、芯片实验和定量PCR的优劣比较？
基因表达谱芯片实验可以对大量基因一次性进行定量研究，定量PCR则对大量基因需逐一进行定量研究。
2、在芯片制作过程中的PCR原液是否可以为客户保存？
可以抽干冷冻保存一年。
3、可否用DNA和芯片杂交？
不可以，因为芯片上的样品是cDNA而真核基因DNA中普遍存在內显子，核酸杂交无法顺利进行。
4、对于临床症状不明显的的遗传病如何取样？
可以从病人抽取血样或者骨髓。
5、如何保存血样？
将血样中血细胞分离出来，然后-80℃低温保存。
6、脱落细胞是否都是死亡的细胞，其中是否可以抽提mRNA？
不完全是死亡的细胞，但是mRNA的含量比较少，建议最好用正常细胞抽提mRNA。
7、完成一张芯片的实验，需要的细胞的量是多少？
需要5×106的细胞量。
8、提供的电泳图和OD值如何评价mRNA的质量？
电泳图可以分析mRNA和总RNA是否降解，OD值可以判断纯度。
9、是否可以将同一症状的病例混合后抽提，看共性表达？
可以。
10、芯片是否可以重复使用？
不可以。
11、杂交后的芯片如何保存？
避光常温保存几个星期。
12、在实验前期，如何定参照物？
根据实验设计来确定使用共同参照物还是各自的参照物。
13、如何消除基因芯片实验中的个体差异？
可以使用同一样品重复芯片实验，取其共性,获得可靠的数据结果。
14、芯片在杂交过程中为什么会发生非特异性杂交，如何降低？
这是由于DNA碱基错配造成，提高芯片杂交后洗脱液的温度可以降低非特异性杂交。
15、芯片上基因cDNA是从什么组织中取得的？
芯片上基因cDNA来源于美国I.M.A.G.E.项目，是从人的各种组织中分离确定的，并且每个基因cDNA具有明确功能定义的，与其它基因不相重复的。
16、芯片上有多少条有效基因？
目前芯片上的有效基因数目最多有7500条，每条基因都有明确的功能定义，不相重复。
17、基因表达谱芯片是如何进行分类的？
基因表达谱芯片是根据芯片的用途来分类的，每种芯片上包括与特定用途相关的基因。
18、表达谱芯片是否可以按照器官来进行分类？
不可以。
19、基因芯片的假阳性率是多少？
一般控制在1%---2%。
20、芯片制作中如何控制芯片的质量？
控制芯片的质量主要要以下几个方面，玻片的选择，点样的规范，固定率，芯片的背景，有效的避免融点等。
21、实验结果中的荧光信号散点图有何意义？
可以-直观反映杂交后的差异表达与正常表达的比率，显示相关度和实验结果的好坏。
22、扫描背景不清楚会对实验结果产生什么影响？
会导致实验结果混乱，而导致实验失败，如果是杂质污染等原因造成，可以通过洗片解决，如果是mRNA不纯，则需要重新抽提。
23、实验失败有几种原因？
mRNA的降解，MRNA的纯度差，反转录酶失败，标记效率低，CY3容易见光降解。
24、得到实验的结果后，可以进行那些研究的工作？
可以通过基因的差异表达，寻找目标基因，进行聚类分析，对差异基因进行进一步的功能研究。
25、PCR 产物用于点芯片是否一定要纯化？
最好纯化一次，因为用96孔板作也不麻烦。纯化后，固定率会好一些。如果点膜的话，实在没时间作纯化，也可以直接点，如果用其他载体，不推荐不纯化的方式！
26、表达谱的概念？
通过杂交检测mRNA的丰度的芯片，也就是检测表达情况的芯片。（sshssh）
表达谱强调的是生物体在某一状态下相对于一个参照物的基因表达的整体状况，具有一定的特征性和代表性。表达谱的概念并不是仅仅局限于DNA array的，从研究生物整体性基因表达差异的实验技术得到的结果都可以称为这个生物的表达谱。
27、未来表达谱芯片实验设计的走向如何？
从目前国内可以提供表达谱芯片实验服务的几家公司销售情况来看，更多的在使用他们现成的商业化芯片，而缺少针对性强的专业化芯片。我个人认为，随着功能基因组研究的进一步深入，特别是当很多表达谱实验数据能够像基因组信息那样逐步公开和共享后，个性化芯片市场将像个性化消费一样红火起来。在我的观点中有这样几个背景供大家参考：
1）对于生命科学领域的科学家研究复杂的生命体来说，我认为他们首先要像我们初中学力学时首先学习匀速直线运动一样，在研究单基因功能时先假想这个基因是理想状态的；在研究自己领域的表达图谱时也是理想状态的，芯片技术目前确实不太稳定，但我认为用于科研已经足够了——只要你能从中找到你想要的东西——关键看代价是多大。
2）目前的商业化芯片，从某一个专业领域来看，其它基因对他们来说简直就是“垃圾”，但是带给他们的却是更高的实验成本，如果在正常的竞争氛围下有合理的定制价格，科学家们更愿意定制自己的专用芯片。
3）高点数芯片和低点数芯片实验结果是可能不一样，但是这里的原因似乎与是否定制没有关系，关系的是你每次PCR的质量、点样技术、杂交条件控制等。
4）当今研究生命体的主流还是在于研究单基因功能或为数不多的几个、几十个基因的功能和相互关系，目前表达谱的最主要的功能是在为这样的研究服务，而不是真正在构建全基因组表达谱。
1、芯片实验和定量PCR的优劣比较？
基因表达谱芯片实验可以对大量基因一次性进行定量研究，定量PCR则对大量基因需逐一进行定量研究。
2、在芯片制作过程中的PCR原液是否可以为客户保存？
可以抽干冷冻保存一年。
3、可否用DNA和芯片杂交？
不可以，因为芯片上的样品是cDNA而真核基因DNA中普遍存在內显子，核酸杂交无法顺利进行。
4、对于临床症状不明显的的遗传病如何取样？
可以从病人抽取血样或者骨髓。
5、如何保存血样？
将血样中血细胞分离出来，然后-80℃低温保存。
6、脱落细胞是否都是死亡的细胞，其中是否可以抽提mRNA？
不完全是死亡的细胞，但是mRNA的含量比较少，建议最好用正常细胞抽提mRNA。
7、完成一张芯片的实验，需要的细胞的量是多少？
需要5×106的细胞量。
8、提供的电泳图和OD值如何评价mRNA的质量？
电泳图可以分析mRNA和总RNA是否降解，OD值可以判断纯度。
9、是否可以将同一症状的病例混合后抽提，看共性表达？
可以。
10、芯片是否可以重复使用？
不可以。
11、杂交后的芯片如何保存？
避光常温保存几个星期。
12、在实验前期，如何定参照物？
根据实验设计来确定使用共同参照物还是各自的参照物。
13、如何消除基因芯片实验中的个体差异？
可以使用同一样品重复芯片实验，取其共性,获得可靠的数据结果。
14、芯片在杂交过程中为什么会发生非特异性杂交，如何降低？
这是由于DNA碱基错配造成，提高芯片杂交后洗脱液的温度可以降低非特异性杂交。
15、芯片上基因cDNA是从什么组织中取得的？
芯片上基因cDNA来源于美国I.M.A.G.E.项目，是从人的各种组织中分离确定的，并且每个基因cDNA具有明确功能定义的，与其它基因不相重复的。
16、芯片上有多少条有效基因？
目前芯片上的有效基因数目最多有7500条，每条基因都有明确的功能定义，不相重复。
17、基因表达谱芯片是如何进行分类的？
基因表达谱芯片是根据芯片的用途来分类的，每种芯片上包括与特定用途相关的基因。
18、表达谱芯片是否可以按照器官来进行分类？
不可以。
19、基因芯片的假阳性率是多少？
一般控制在1%---2%。
20、芯片制作中如何控制芯片的质量？
控制芯片的质量主要要以下几个方面，玻片的选择，点样的规范，固定率，芯片的背景，有效的避免融点等。
21、实验结果中的荧光信号散点图有何意义？
可以-直观反映杂交后的差异表达与正常表达的比率，显示相关度和实验结果的好坏。
22、扫描背景不清楚会对实验结果产生什么影响？
会导致实验结果混乱，而导致实验失败，如果是杂质污染等原因造成，可以通过洗片解决，如果是mRNA不纯，则需要重新抽提。
23、实验失败有几种原因？
mRNA的降解，MRNA的纯度差，反转录酶失败，标记效率低，CY3容易见光降解。
24、得到实验的结果后，可以进行那些研究的工作？
可以通过基因的差异表达，寻找目标基因，进行聚类分析，对差异基因进行进一步的功能研究。
25、PCR 产物用于点芯片是否一定要纯化？
最好纯化一次，因为用96孔板作也不麻烦。纯化后，固定率会好一些。如果点膜的话，实在没时间作纯化，也可以直接点，如果用其他载体，不推荐不纯化的方式！
26、表达谱的概念？
通过杂交检测mRNA的丰度的芯片，也就是检测表达情况的芯片。（sshssh）
表达谱强调的是生物体在某一状态下相对于一个参照物的基因表达的整体状况，具有一定的特征性和代表性。表达谱的概念并不是仅仅局限于DNA array的，从研究生物整体性基因表达差异的实验技术得到的结果都可以称为这个生物的表达谱。
27、未来表达谱芯片实验设计的走向如何？
从目前国内可以提供表达谱芯片实验服务的几家公司销售情况来看，更多的在使用他们现成的商业化芯片，而缺少针对性强的专业化芯片。我个人认为，随着功能基因组研究的进一步深入，特别是当很多表达谱实验数据能够像基因组信息那样逐步公开和共享后，个性化芯片市场将像个性化消费一样红火起来。在我的观点中有这样几个背景供大家参考：
1）对于生命科学领域的科学家研究复杂的生命体来说，我认为他们首先要像我们初中学力学时首先学习匀速直线运动一样，在研究单基因功能时先假想这个基因是理想状态的；在研究自己领域的表达图谱时也是理想状态的，芯片技术目前确实不太稳定，但我认为用于科研已经足够了——只要你能从中找到你想要的东西——关键看代价是多大。
2）目前的商业化芯片，从某一个专业领域来看，其它基因对他们来说简直就是“垃圾”，但是带给他们的却是更高的实验成本，如果在正常的竞争氛围下有合理的定制价格，科学家们更愿意定制自己的专用芯片。
3）高点数芯片和低点数芯片实验结果是可能不一样，但是这里的原因似乎与是否定制没有关系，关系的是你每次PCR的质量、点样技术、杂交条件控制等。
4）当今研究生命体的主流还是在于研究单基因功能或为数不多的几个、几十个基因的功能和相互关系，目前表达谱的最主要的功能是在为这样的研究服务，而不是真正在构建全基因组表达谱。
作者: 丁香园集体创作
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