一步一步教你使用NCBI(Part two)(多图)
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2. 查找mRNA、蛋白序列
回到步骤1点击“Go”之后出现的页面,点击目的基因的名字,出现以下页面(只抓取相关部分):
页面的下半部分,即可以获取mRNA和蛋白序列的部分:
找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”,它分为几个板块,第一个“mRNA and Protein”区可以让我们找到连续的编码mRNA序列和蛋白序列。在mRNA and Protein下面有两个序列代码(中间划有一个箭头),这代表了mRNA序列和蛋白序列。分别点击就可以得到相应的序列页面。点击后如图所示,mRNA序列:
蛋白序列如下:
NCBI Reference Sequences (RefSeq)的第二个板块是Reference assembly,它下面显示的是Genomic ,点击Genomic下面Reference assembly对应的Genbank或FASTA即可出现编码的DNA序列(注意:只是编码序列,其中包括内含子,但一般没有5‘非编码区)。
这样我们就可以找到基因的cDNA序列、连续的编码mRNA序列、蛋白序列以及含有内含子的编码DNA序列了。
回到步骤1点击“Go”之后出现的页面,点击目的基因的名字,出现以下页面(只抓取相关部分):
页面的下半部分,即可以获取mRNA和蛋白序列的部分:
找到“NCBI Reference Sequences (RefSeq)”,它分为几个板块,第一个“mRNA and Protein”区可以让我们找到连续的编码mRNA序列和蛋白序列。在mRNA and Protein下面有两个序列代码(中间划有一个箭头),这代表了mRNA序列和蛋白序列。分别点击就可以得到相应的序列页面。点击后如图所示,mRNA序列:
蛋白序列如下:
NCBI Reference Sequences (RefSeq)的第二个板块是Reference assembly,它下面显示的是Genomic ,点击Genomic下面Reference assembly对应的Genbank或FASTA即可出现编码的DNA序列(注意:只是编码序列,其中包括内含子,但一般没有5‘非编码区)。
这样我们就可以找到基因的cDNA序列、连续的编码mRNA序列、蛋白序列以及含有内含子的编码DNA序列了。
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作者: urbest
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