一步一步教你使用NCBI(Part one)(多图)
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六、在Sequence Format后选择GenBank,然后点击下面的Display,目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。点击后如图所示(网页较大,只抓取一小部分以作示范):
在上述打开的网页中,你可以看到基因长度,基因序列,以及这个基因是如何被报道出来的等各种信息。
你会看到:mRNA join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..8394)这代表了从基因的3598位开始就是转录区了,即我们常说的mRNA片断,由于内含子的存在,所以mRNA在DNA序列上分成了几段。
CDS join(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057, 7803..7970)
CDS代表编码序列,即蛋白编码区是从3660开始的(ATG),由于剪接作用所以CDS区也是不连续的。
说到这里,可能很多朋友都已经明白了promoter即启动子区域在哪里了。但我还是再唠叨几句:转录起始位点前面是基因的调控区,启动子区没有明显的位置定义,大家也只是猜测它的大体位置,如果你要研究promoter区的话,建议你选择转录起始位点前的2000个碱基进行研究,一般默认的是这样。当然你如果觉得长度太长不好研究的话,也可以只研究-1000到0这一千个碱基,因为一般情况下,启动子区的变异都在这个区域内。
这样大家就可以找到自己的目的基因序列和启动子了,这种方法可能使用的人不是很多,但我个人比较喜欢,因为它最大的优点是可以找到启动子区域和其他调控区域。
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作者: urbest
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