CLIP-seq—动物miRNA靶基因筛选新方法
CLIP-seq，即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing),是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的RNA片段，经添加接头、RT-PCR等步骤，对这些分子进行高通量测序，再经生物信息学的分析和处理、总结，挖掘出其特定规律，从而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义。
CLIP-seq技术由于可以高通量的研究蛋白在体内与RNA的结合情况，极大的促进了蛋白质-RNA相互作用的研究。最近，这项技术也被应用到microRNA靶标鉴定等工作中。
在动物体内，成熟的单链miRNA与一系列蛋白形成miRNA诱导的沉默复合物(RISC)，结合于靶mRNA的3ˊ-UTR区，阻止所结合的mRNA 的翻译或直接降解靶miRNA。基于这一原理，我们可以通过CLIP-seq技术来进行miRNA靶基因的筛选。
CLIP-Seq方法的应用能够非常明显地降低miRNA结合位点的假阳性预测频率并且减小miRNA结合位点搜寻空间的范围。可以在全基因组范围内鉴定AGO2蛋白在不同RNA上的结合位点。
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图1 CLIP-seq原理
编辑: gaowei2010
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