手把手教你使用Imagepro-Plus(一)——入门
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Imageproplus(IPP)的主要用途是分析测量图象。本人使用该程序进行生物图象分析有一段时间,写此帖的主要目的还是与大家交流使用心得,并总结一下使用方法。
如果你是刚接触IPP,最好先从本帖看起,并同时打开你电脑上的IPP程序照着操作。学会一个软件需要花一段时间的,两分钟不可能学会。两小时也太短。但我相信,照着我这几个帖子作下来,至少是可以用IPP干一点事情了。
打开IPP后的界面是这样的,该从何处下手呢?
既然是处理图片,当然是先要打开一张要处理的图片嘛
这张照片中的黄色部分是免疫组化染色的阳性表达成分。处理目标是通过测量图片中黄色部分的"黄"度来反映相应蛋白表达的的“量”。对该图片进行观察,可以看到图片中主要有三种主要颜色,一是染成蓝色的细胞核,二是呈现出黄色的胞浆,三是细胞间的空隙区域,呈现出浅蓝色,是为背景。所以首先要把图片中呈现黄色的区域给挑选出来,这部分区域是我们最感兴趣的地方,叫作AOI(area of interest)。AOI是IPP中最有用最重要的概念。如何能够准确地选取AOI就是使用IPP的关键操作。一旦准确地选取了AOI,下面的测量分析就好办了。
对不同的图片,需灵活地使用各种适当的AOI工具,就这张图片来说,AOI是黄色区域,因此用颜色分类的AOI工具是最有效的。
点击measure---count/size,弹出分类测量窗口。
在窗口中选中manual,再点击select color,弹出颜色选择窗口segmentation,这个工具是IPP最有特色的颜色选取工具之一。用好这个工具是使用IPP的要点。
对于目标颜色鲜明的图片,用吸管工具是最简单的。点一下吸管图标,在目标区域点一下,就可以选中该点的颜色,当然一下是不可能完全选中所需要指定的全部区域,可以在未选中的地方接着再点,这样多次选取,直到把想选中的区域全部选中为止。在这张示例图中,选中的蓝色细胞核部分被标上了红色。用红框圈起来的四个工具按纽分别是:吸管、撒消上一步操作、橡皮擦、全部清除。下在的小方框里则是吸管位置的选取颜色。
图片中被标上红色的区域被定义为一个class,其中每一个独立的小区块被定义为这个class中的一个object。以此图为例,图中深蓝色的部分是细胞核,因此所有的细胞核都被选中成一个class,其中每一个细胞核就是一个object。
如果你是刚接触IPP,最好先从本帖看起,并同时打开你电脑上的IPP程序照着操作。学会一个软件需要花一段时间的,两分钟不可能学会。两小时也太短。但我相信,照着我这几个帖子作下来,至少是可以用IPP干一点事情了。
打开IPP后的界面是这样的,该从何处下手呢?
既然是处理图片,当然是先要打开一张要处理的图片嘛
这张照片中的黄色部分是免疫组化染色的阳性表达成分。处理目标是通过测量图片中黄色部分的"黄"度来反映相应蛋白表达的的“量”。对该图片进行观察,可以看到图片中主要有三种主要颜色,一是染成蓝色的细胞核,二是呈现出黄色的胞浆,三是细胞间的空隙区域,呈现出浅蓝色,是为背景。所以首先要把图片中呈现黄色的区域给挑选出来,这部分区域是我们最感兴趣的地方,叫作AOI(area of interest)。AOI是IPP中最有用最重要的概念。如何能够准确地选取AOI就是使用IPP的关键操作。一旦准确地选取了AOI,下面的测量分析就好办了。
对不同的图片,需灵活地使用各种适当的AOI工具,就这张图片来说,AOI是黄色区域,因此用颜色分类的AOI工具是最有效的。
点击measure---count/size,弹出分类测量窗口。
在窗口中选中manual,再点击select color,弹出颜色选择窗口segmentation,这个工具是IPP最有特色的颜色选取工具之一。用好这个工具是使用IPP的要点。
对于目标颜色鲜明的图片,用吸管工具是最简单的。点一下吸管图标,在目标区域点一下,就可以选中该点的颜色,当然一下是不可能完全选中所需要指定的全部区域,可以在未选中的地方接着再点,这样多次选取,直到把想选中的区域全部选中为止。在这张示例图中,选中的蓝色细胞核部分被标上了红色。用红框圈起来的四个工具按纽分别是:吸管、撒消上一步操作、橡皮擦、全部清除。下在的小方框里则是吸管位置的选取颜色。
图片中被标上红色的区域被定义为一个class,其中每一个独立的小区块被定义为这个class中的一个object。以此图为例,图中深蓝色的部分是细胞核,因此所有的细胞核都被选中成一个class,其中每一个细胞核就是一个object。
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作者: hbchendl
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