新药研究相关数据库简介及检索方法(六)
转载请注明来自丁香园
发布日期: 2006-08-03 14:28 文章来源: 丁香园
关键词: 新药数据库 检索方法 InfoChem数据库 点击次数:

InfoChem(PC-search)数据库简介及检索方法

    一、数据库简介

    本数据库是由Springer Verlag 出品的CD-ROM 产品,由前苏联的科技情报研究所(VINITI)和原东德的ZIC 收集整理的,共有250 万个反应,取自1000 种国际上重要化学杂志和专利文献。数据库由二个软件部分组成,其一是含有约41000 个核心反应的反应类型数据库,称为ChemReact 41。这一部分的数据是从1975~1991 年间的文献中精选各种不同类型的反应的数据,原则上是一种反应类型一个反应的例子。反应类型的选取原则是至少有5 个以上的同类反应。至少要有一个例子在重要有机化学杂志(56 种)中,至少要有一个例子的得率在50%以上,每个反应含有反应式、反应条件、得率和参考文献。它的检索软件名为PC-Search,允许灵活的分子和反应的子结构检索,并能标记反应中心。还可以进行反应条件检索、关键词检索等。含有250 万个单步反应的数据库只是一个可显示的数据库,在用PC-Search 检索后,当需要从250 万个单步反应数据库中取出数据显示时会自动调用CD-react 程序。第二部分为STS(Synthesis Tree Search),用于检索在250 万个反应中含有的目标分子,目标分子可以是反应产物,也可以是反应起始物。用户可通过ChemReact 41 进行反应类型的检索,再利用InfoChem 反应数据库的数据显示所有同一反应类型的具体例子。据称250 万个反应中与ChemReact 41 有关的约有150 万个。用户还可以用STS 检索具体的分子结构以在InfoChem CD-ROM 中得到相应的合成方法树形图。

    InfoChem 可提供三种检索功能:子结构检索(SSS)、反应子结构检索(RSS)、数据检索。数据检索通过一个数据填充画面进行,可进行多种常规途径检索,如作者、条件、得率、出版物名等。你可在检索中要求得率的范围,如﹥80,70~90 等。这是在书本式的工具书中所没有的。但是真正富有特色的是SSS 和RSS 检索功能。InfoChem 反应数据库的结构提问可以用ISIS/Draw或STN express 画出,然后用用Windows 的剪贴板拷贝到PC-Search 进行检索。

    1、通过子结构检索查找具有某种结构类型化合物的反应

    举例说明其使用过程:
    a)用ISIS/Draw 画目标分子结构,然后用左侧工具栏中“lasso select”选择目标结构,点击菜单栏上的Edit,再点击其下拉菜单上的“Copy”。

 

     b)将ISIS/Draw 窗口最小化,调用PC Search,点菜单栏上的Edit 下拉菜单上的Paste Query或单击出现如下界面:如果出现“No Reaction number in clipboard”表示画的结构在数据库中没有相匹配的记录,你可以适当简化结构进一步检索。

    c)单击或用菜单栏上的“Search”下拉菜单上的“Start SSS”开始提问分子的子结构检索。

    d) 用菜单栏上的“SSS role”限定检索结果,即提问结构是作为反应物、产物、试剂、催化剂等。选择“SSS role”下拉菜单中的“View substructure as Products”即显示反应产物中包含提问分子子结构的反应。

    e)在菜单栏的“export”下拉菜单上选择“Reaction to CD-React”,进入“CD-react”的“Reaction Display”模式,显示命中反应的比较具体的文本信息,点击菜单栏上的“DDE-Connect”返回。

    f)在菜单栏的“export” 下拉菜单上选择“Reaction type to CD-React”,进入“CD-react”的“Reaction Display”模式,显示与命中反应有相同反应类型号的其它反应及比较具体的文本信息,点击菜单栏上的“DDE-Connect”返回。

    g)在菜单栏的“export”下拉菜单上选择“Document to CD-React” 进入“CD-react”的“Reaction Display”模式,显示与命中反应同一篇文献的其它反应及比较具体的文本信息,点击菜单栏上的“DDE-Connect”返回。

    检索结果的储存处理,不管是在PC Search 的反应显示还是在CD-react 的反应显示中,均可用“Edit”菜单下的拷贝功能把反应图和文本信息粘贴到Word 文件中,步骤如下:(1)点击菜单栏上的“Edit”,再点击其下拉菜单中的“Copy Data”把文本信息拷贝到粘贴板上,然后粘贴至word 中。(2)点击菜单栏上的“Edit”,再点击其下拉菜单中的“Copy Diagram”把反应式拷贝到粘贴板上,然后粘贴至附件中的画图中,再在画图中拷贝该反应式,再粘贴至word 中。

    h)点击菜单上的“File”,点击其下拉菜单中的“End Display-Reset query”,退出PC Search 程序。

    2、子结构检索时的提问编辑

    上述只是一个简单的通过子结构检索查找反应类型的例子。由于是子结构检索,查到的机会多,结果准确性差,只能逐个反应浏览,以发现是否需要。为提高检索精度则要利用提问编辑功能。仍以上述画的为例说明提问编辑的作用。

下一页 >
分页: [1]   [2 ]  

请点这里参加丁香园论坛讨论 >>

   作者: Maxis


以下网友留言只代表网友个人观点,不代表网站观点



请输入验证码: