| 发布日期: 2006-08-03 14:28 | 文章来源: 丁香园 |
关键词:
新药数据库
检索方法
InfoChem数据库
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a）用ISIS/Draw 画目标分子结构，然后用左侧工具栏中
“lasso select”选择目标结构，点击菜单栏中的Edit，再点击其下拉菜单中的“Copy”。
b）最小化ISIS/Draw 窗口，调用PC-Search，点菜单栏上的Edit 下拉菜单中的Paste Query，进入SSS Query 框，引入提问结构。
c）点击菜单栏上的Edit，再点击其下拉菜单中的“Edit Query”，进入提问编辑状态。对于物质子结构检索可以对分子中的原子和键进行定义，并可以引入氢原子，以限制这一部位的反应进行。如Edit 下拉菜单所示：
d）本例中如果选择“Set Open/Closed Structure”，再在提问结构上点击一次，就把所有位置上的空余价键用氢补上，如下图：
此时实际进行的是确定结构的检索。但在PC Search 中，确定结构命中的机会较少。如本例中上述限定结构未检索到。
现选择“Add Hydrogen to Atom”，在例中的苯环上未取代位置都点击一次，加上一个氢，这样检出的结果就只是苯环上没有取代的二元羧酸衍生物。如：
然后点击菜单栏上File 下拉菜单中的“Exit Query-edit”返回PC Seacrh 检索界面。
f）用“SSS role”限定检索结果，选择“View substructure as Reactant”即显示反应物中包含苯环上没有其它取代的提问分子子结构的反应。
g）以下操作同前述1. e）－h）。
3、反应子结构检索
现举一个二元酮的一个羰基还原成羟基的反应检索的例子。
a）先用ISIS/Draw 画出反应，并粘贴到PC Search。
b）点击“Search/Start SSS”，进行反应子结构检索，得到17 个反应。
c）以下操作同前述1. d）－h）。
4、编辑反应提问
4.1 定义键
上例有17 个结果，实际上有许多结果不是预期的，如果我们通过提问编辑方式把键定义为链键，就只有1 个反应。
a）先用ISIS/Draw 画出反应，并粘贴到PC Search。
b）点击“Edit/Edit Query”进入提问编辑状态。
c）点击“Edit/Mark/Unmark Chain bond/atom”，再点击需要定义为链键的键，这是被定义的键显示标记字符“q”，表示键已经被定义。不管是定义什么键（芳香、环、链键），只要被定义过，就有这一标记显示。
d）点击“File/Exit Query-edit”返回PC Search 检索界面。
e）点击“Search/Start RSS”，进行反应子结构检索，得到1 个反应。
f）以下操作同前述1. d）－h）。
4.2 定义反应中心和综合定义
对于反应子结构检索除了如上述的对原子和键的定义外，还可以对反应中心进行定义。定义反应中心和使用原子匹配可比较确切地找到所需的反应，与反应有关的定义还有：
定义反应中心即是反应物中要求起变化的原子和键，定义非反应中心就是在反应中这些部位不能发生变化，定义原子匹配要求反应物和产物中的这几原子必须完全匹配，原子匹配只限于定义为反应中心的原子，也就是说这部位在反应中有变化，但是反应物和产物中这些定义部位的原子没有变化。
这是一个链羧酸的反应，要求只是羧基的α-位起反应，其检索和定义过程如下：
a）先用ISIS/Draw 画出反应，并粘贴到PC search。
b）点击“Edit/Edit Query”进入提问编辑状态。
c）点击“Edit/Mark/Unmark Chain bond/atom”把反应物和产物的三个键定义为链键，被定义的键显示标记字符“q”。
d）点击“Add Hydrogen to Atom”，再点击反应物和产物的羧酸羟基氧，在上面加氢，这就确保无论是反应物还是产物的单键氧是羟基，排除了这一羧基的酯化反应。点击反应物的碳原子，使α 位、β 位的碳上都有二个氢，点击产物的β 位的碳原子，使之有二个氢。这意味着α 位的氢可能会有变化。
e）点击“Mark/Unmark Reaction Center Bond/Atom”，再点击反应物和产物的α 位碳原子，把它定义为反应中心。
f）点击“File/Exit Query-edit”返回PC search 检索界面，检出三个反应。如果不作反应中心的定义，结果就多很多。因为从反应子结构检索的角度看，只要反应物和产物中均有满足条件的子结构，而不管α 位有无变化，都算命中。
g）点击“Search/Start SSS”，进行反应子结构检索。
h）以下操作同前述1. d）－h）。
编辑：7100
作者: Maxis
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