关于lncRNA
长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子,它们并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平。
lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能。然而,近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组印记以及染色质修饰,转录激活,转录干扰,核内运输等多种重要的调控过程,lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。哺乳动物 基因组序列中4%~9%的序列产生的转录本是lncRNA(相应的蛋白编码RNA的比例是1%),虽然近年来关于lncRNA的研究进展迅猛,但是绝大部分的lncRNA的功能仍然是不清楚的,随着研究的推进,各类 lncRNA 的大量发现,lncRNA 的研究将是 RNA 基因组研究非常吸引人的一个方向,使人们逐渐认识到基因组存在人类知之甚少的“暗物质”。
图1 Pubmed检索近年lncRNA论文的数量趋势
lncRNA特征
● lncRNA通常较长,具有mRNA样结构,经过剪接,具有poly(A)尾巴与启动子结构,分化过程中有动态的表达与不同的剪接方式, 与编码基因相比,lncRNA表达量更低。
● 组织特异性:不同组织之间的lncRNA表达量不同。
● 时空特异性:同一组织或器官的不同生长阶段,其中的lncRNA表达量也会变化。
● lncRNA启动子同样可以结合转录因子,如Oct3/4,Nanog,CREB,Sp1,c-myc,Sox2与p53,局部染色质组蛋白同样具有特征性的修饰方式与结构特征。
● 大多数的lncRNA在组织分化发育过程中,都具有明显的时空表达特异性,如有人针对小鼠的1300个lncRNA进行研究,发现在脑组织中的不同部位,lncRNA具有不同的表达模式。
● 在肿瘤与其他疾病中有特征性的表达方式。
lncRNA分类
图2 lncRNA的基本分类
编辑: gaowei2010