miRNA命名规范
一、miRNA的定义
miRNA(microRNA)是一组由基因组编码的长度约17～25个核苷酸的非编码RNA，通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或阻碍其翻译。
miRNA在物种进化中相当保守，在植物、动物和真菌中发现的miRNA大部分在特定的组织和发育阶段表达。miRNA的组织特异性和时序性，决定组织和细胞的功能特异性，表明miRNA在细胞生长和发育过程的调节过程中起多种作用。
二、miRNA数据库
miRBase序列数据库是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一，提供公布的miRNA序列及注释信息。目前miRBase(Release 19.0)记录了21264个miRNA。
三、miRNA名称与编号
1) miRNA成熟体命名规则(以动物miRNA为例)
①确定命名规则之前发现的miRNA，则保留原来名字，如hsa-let-7。
②miRNA成熟体简写成miR，再根据其物种名称，及被发现的先后顺序加上阿拉伯数字，如hsa-miR-122；
③高度同源的miRNA在数字后机上英文小写字母(a,b,c,…)，如hsa-miR-34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c等；
④由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA，则在后面机上阿拉伯数字以示区分，如hsa-miR-199a-1和hsa-miR-199a-2；
⑤通常一个miRNA前体长度大约为70~80nt，很可能两个臂分别产生miRNA。
以前的做法是：表达水平较高的miRNA后面不加任何符号，而表达水平较低的miRNA后面加上*号，如rno-miR-9*。有时带“*”的miRNA就根本不出现。在miRBase 19.0中则以“-5p”和“-3p”分别命名。如hsa-miR-26b-5p和hsa-miR-26b-3p，分别表明从hsa-mir-26b前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。
在以前的命名中，有时也会以“-s”和“-as”来命名，但现在已经取消了这种命名方式。
案例请见：http://www.mirbase.org/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI0000442
2) miRNA编号及名称(以动物miRNA为例)
miRBase记录了miRNA前体序列及miRNA成熟体序列，其中：
① miRNA前体
发夹状结构的miRNA前体转录本以“mir”命名，其编号以“MI”编号，如人的miRNA 122的前体ID为hsa-mir-122，Accession为MI0000442。
② miRNA成熟体
大约20～23nt的miRNA成熟体以“miR”命名，其编号以“MIMAT”编号，如人的miR-122有两个成熟体，其中之一ID为hsa-miR-122-5p ，Accession为 MIMAT0000421;另一个为ID为hsa-miR-122-3p ，Accession为 MIMAT000 4590。
案例请见：http://www.mirbase.org/cgi-bin/mirna_entry.pl?acc=MI0000442
3) 不同物种命名方式差别
①动物：
miRNA前体：以动物物种缩写+“-”+ mir+“-”+命名顺序，如hsa-mir-122；
miRNA成熟链：以动物物种缩写+“-”+ miR+“-”+命名顺序，如hsa-miR-122-5p；
②植物：
miRNA前体：以植物物种缩写+“-”+ MIR+命名顺序，如ath-MIR156a。注意：MIR是大写，并与命名顺序之间没有“-”；
miRNA成熟链：以植物物种缩写+“-”+ miR+命名顺序，如ath-miR156a。注意：miR是小写，并与命名顺序之间没有“-”；
③ 病毒：
miRNA前体：以病毒物种缩写+“-”+ mir+命名顺序，如bhv1-mir-B1；
miRNA成熟链：以病毒物种缩写+“-”+ miR+命名顺序，如bhv1-miR-B1。
编辑: gaowei2010
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