lncRNA最新研究进展
人类lincRNA的大规模鉴定
来自MIT的Broad institude的 John Rinn小组于2011年在《Genes Devolopment》发表lincRNA相关文章。作者使用RNA seq技术测定人体24中细胞与组织中的RNA，结合已知的lncRNA数据，凭借序列、结构、转录、同源性等30个属性对lincRNA进行大规模鉴定，最终得到8195条lincRNA。另外，作者发现lincRNA在不同的组织有着差异表达，并且lincRNA与其两旁的蛋白编码的基因存在着共表达的关系。所有数据已经收录到锐博生物的数据库，我们可以对已知lincRNA进行检索。
图1 结合RNA seq对lincRNA进行大规模鉴定的方法（Jonn Rinn, et al., Integrative annotation of human large intergenic noncoding RNAs reveals global properties and specific subclasses. Genes Devolopment. 2011）
首个大型癌症lncRNA表达谱
2012年8月28日《Genome Biology》：斯坦福大学医学院研究人员进行首个大型的癌症lncRNA表达谱分析。
对64个肿瘤样品高通量RNA-seq测序，在各种肿瘤类型之间找出差异表达的1065个lncRNA。
因此lncRNA可以成为生物标志物。
Brunner, A. L., A. H. Beck, et al. (2012). "Transcriptional profiling of lncRNAs and novel transcribed regions across a diverse panel of archived human cancers." Genome biology.
lncRNA在疾病中的作用机理研究
大量的研究表明，在肿瘤细胞中，某些特定的lncRNA的表达水平会发生改变。这种表达水平的变化能够作为癌症诊断的标志物。
在对阿兹海默症的研究中找到的一个lncRNA，BACE1AS，它编码β分泌酶基因的反义链RNA。β分泌酶能够产生β淀粉样蛋白，后者的累积是阿兹海默症的主要诱因。作为BACE1反义链的BACE1AS能够在各种外界压力刺激条件下，增加BACE1 mRNA的稳定性（通过防止BACE1受到核酸酶降解的方式），从而导致更多的β淀粉样蛋白累积，并促进BACE1AS的表达，这个正反馈循环将会加速阿兹海默症的发展。但是，当使用了特异性针对BACE1AS的siRNA降低BACE1AS的表达水平后，β淀粉样蛋白的表达水平也同时下降了，这表明BACE1AS是一个非常理想的治疗阿兹海默症的药物靶点。
图2 BACE1AS治疗阿兹海默症的生物途径（Mohammad Ali Faghihi, et al., Expression of a noncoding RNA is elevated in Alzheimer's disease and drives rapid feed-forward regulation of β-secretase.Nature Medicine. 2008）
lncRNA与其他非编码RNA分子的互作用机制研究
研究者采用lncRNA 芯片 ，比较HCC细胞株和良性人肝细胞的lncRNA表达水平，找到了在HCC细胞中表达显著下调的lncRNA MEG3，并进行了qRT-PCR的验证。对肝癌组织和癌旁肝硬化组织的实时定量PCR实验，以及对非肿瘤肝组织和HCC组织的ISH实验，同样发 现MEG3在肝癌中的特异性表达下调。体外细胞实验初步研究了MEG3的肿瘤抑制功能，包括对细胞生长和细胞凋亡的调控等。而对MEG3自身所受到的表达 调控机制的研究，则提示MEG3的表达下调可能是因为MEG3启动子发生了超甲基化，即lncRNA的表达同样可能受到表观遗传调控；而MEG3启动子的 超甲基化可能是microRNA-29a 调控通路作用的结果，从而将两类重要的非编码RNA，miRNA和lncRNA联系了起来。
图3 miRNA和lncRNA联系的回归分析图(C Braconi, et al.,microRNA-29 can regulate expression of the long non-coding RNA gene MEG3 in hepatocellular cancer.Oncogene. 2011)
编辑: gaowei2010
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