2015第六届AMBER分子动力学模拟软件培训班通知
时间：12月25日-12月27日 地点：上海交通大学医学院
AMBER分子动力学程序包是由加州圣弗兰西斯科大学(University of California San Francisco,UCSF)的Peter A Kollman和其同事编写的，程序很全，大约包含60多个程序，相互协调工作。现在已经发展到版本14。AMBER功能涵盖种类非常多的生物分子，包括蛋白、核算以及药物小分子。 源资培训研究院至2015年1月成立以来，一直致力于不同科研领域专业软件培训，学员人数场场爆满，培训现场学习气氛浓郁，单AMBER培训班就已在北京,上海，广州成功的举办了五场，已逾230人参加，培训现场气氛均非常热烈，讲师都是现场解决学员提出的各种专业问题，并针对性的分析学员需求，提供完美的解决方案。并在培训结束后，一直在相关群里免费的为学员解决平时科研工作的问题，学员均对培训班收获称赞不已。为此，源资培训研究院再接再厉，在吸收借鉴前期培训班的宝贵经验下，积极采纳学员给出的意见和建议，对于培训班的课程反复讨论修改，再三斟酌，也为了让更多的分子模拟爱好者能有更多的交流机会，源资培训研究院决定在上海交通大学医学院举办第六届AMBER培训班。 本次培训班我们将依然遵循以往的培训班的优良传统，邀请业界AMBER专家来为学员授课，对每项技术将分别进行专题讲解（包括技术原理讲解、案例介绍、软件上机操作以及最新文献的展示），边讲边练，力求让每位培训学员都有充足的时间针对每个技术点进行软件的上机操作，从而更好地满足用户不同方面的科研需求。
课程安排：
日 期 时 间 内 容
12月25日
（第一天）
8:30 – 9:00 学员注册报到 领取培训资料
9:00 – 9:50 课程一
An introduction to molecular dynamics simulations
9:50 – 10:40 课程二
Overview of Amber program and Amber force fields
10:40 – 10:50
茶歇，答疑解惑，互动讨论
10:50 – 11:30
课程三
Tips for designing a good simulation project
11:30 – 12:00
特邀报告 高性能 GPU计算应用方案
12:00 – 13:30
照相留影，午餐，午休
13:30 – 17:30
上机实践
HIV-1整合酶的动力学模拟
12月26日
（第二天）
9:00 – 9:40
课程一
分子动力学模拟在药物设计中的应用研究
9:40 – 10:20
课程二
常规分子动力学模拟研究蛋白与配体相互作用
10:20 – 10:30
茶歇，答疑解惑，互动讨论
10:30 – 12:00
课程三
药物与靶标蛋白结合自由能的计算模拟一:MM/PBSA和MM/GBSA
12:00 – 13:30
午餐，午休
13:30 – 14:30
课程四
药物与靶标蛋白结合自由能的计算模拟二: QM/MM MD 研究蛋白质-配体相互作用
14:30 – 14:45
茶歇，答疑解惑，互动讨论
14:45 – 17:30
上机实践
SMD在靶标蛋白与配体结合及解离中的应用
12月27日
（第三天）
9:00 – 9:40
课程一
分子动力学模拟研究蛋白质大规模构象变化
9:40 – 10:20
课程二
增强型取样方法的基本原理
10:20 – 10:30
茶歇，答疑解惑，互动讨论
10:30 – 12:00
课程三
增强型取样方法在蛋白大规模构象变化中的应用
12:00 – 13:30
午餐，午休
13:30 – 14:30
课程四
副本互换方法在蛋白质折叠中的应用研究
14:30 – 14:45
茶歇，答疑解惑，互动讨论
14:45 – 17:30
上机实践
副本互换研究小蛋白Trpcage的从头折叠
