生物信息数据处理与 Perl 语言编程应用专题培训班

第一天

概述

1. 生物信息学数据处理概述；  

2. Perl 语言简介特点与数据处理的优势与应用范围

运行调试

3.    Perl 语言解释器、编辑器安装；

4.    Perl 运行环境测试与程序编写；
5.    UltraEdit 软件应用与生物信息学数据文件处理；
6.    基于宏的 perl 语言快速编程

操作基础

7.    Perl 语言基本变量、操作符、判断结构；循环结构；
8.    Perl 语言常用函数的功能应用；
9.    生物学数据文件的读入与输出；
10.  生物信息学常见文件的分割、合并、过滤、信息提取等；
11.  批量自动化数据文件操作

第二天

生物信息实例应用

12.  常用生物信息学数据文件格式简介；
13.  用 perl 从 NCBI、ENA 等数据库批量下载基因序列；
14.  用 perl 进行生物学数据文件格式转化；
15.  用 perl 编程从 Fasta、GBK、Fastq、PDB 等提取关键生物学数据信息；
16.  用 perl 批量自动化下载基因序列；
17.  用 perl 进行 DNA 到 protein 批量翻译；
18.  用 perl 批量 DNA 序列反向互补；

高级数据处理

19.  Perl 语言的数组、二维数组、hash 表用法；
20.  用 perl 自动化从表格数据提取信息；
21.  矩阵数据文件的生成与应用
22.  二代测序 NGS、GWAS 等生物信息分析中 perl 的应用

第三天

模块与子程序

23.  perl 子程序与模块应用；
24.  强大的正则表达式的应用；
25.  用 perl 进行基因 ID 列表比较、筛选与统计；

erl 的高级应用

26.  Perl 第三方代码库 CPAN 的简介与应用；
27.  Bioperl 模块与应用；
28.  常用生物信息学程序实例；
29.  用 perl 进行批量自动化本地 blast 比对及数据分析；
30.  多序列自动化比对与系统进化树构建；
31.  基于 perl 的 circos 基因组作图工具介绍；