实用微生物组学信息分析精品班

第一天

9:30-12:00

微生物组学研究概论及进展

1、微生物组研究的发展历史
2、微生物测序分析技术及实验技术原理
3、研究热点分享

第一天

13:30-17:30

经典案例分享和方案设计与文章架构设计

1、微生物组学经典文章回顾，未来微生物组学发展方向
2、已发表各类精品文章的经验总结：包括经典项目总体设计思路、遇到的困难及解决方案
3、文章写作经验分享，包括文章架构设计、语言风格、结果呈现等写作技巧

第二天

9:00-12:00

Linux 基础操作

1、Linux 常用命令使用和上机操作
2、Linux 环境下软件安装

16s 测序分析结果解读

1、OUT 分析
2、物种分类与丰度分析
3、Alpha 多样性分析
4、Beta 多样性分析
5、显著性差异分析

第二天

13:30-17:30

16s 数据分析
（上机）

1、质控与数据拼接
2、OTU 聚类
3、物种注释
4、统计分析：（1）α多样性分析；（2）β多样性分析；（3）群落结构及丰度分析；（4）进化分析；（5）差异分析 (Lefse)；（6）功能分析 (picrust)。

第三天

9:00-12:00

宏基因组测序分析结果解读

1、物种注释分析
2、差异物种分析
3、差异基因分析
4、功能注释分析
5、MGS 分析

第三天

13:30-17:30

宏基因组数据分析（上机）

1、质控
2、拼接组装
3、聚类 Binning：TETRA;    MetaCluster; Phymm 等
3、基因注释：FragGeneScan；MetaGeneMark；MetaGeneAnnotator 等
5、功能注释：RAMMCAP；Blast 等
6、统计分析：（1）物种分析；（2）功能分析；（3）差异分析；（4）比较分析

第四天

9:00-12:00

R 的数据处理功能及统计应用

1、R 的安装、运行与使用
2、R 语法介绍（R 基本符号）
3、R 数据处理，对 R 语言中常用的数据结构包括向量，数组，矩阵，列表，数据框等的介绍、使用方法及使用范围

第四天

13:30-17:30

R 绘图功能在微生物组学信息分析中的应用

1、基础绘图工具（绘图函数、参数、画图面板分割及图形的保存）
2、图形案例实际操作
2.1 散点图-点线混合图、并列散点图、坐标对数话
2.2 条形图-标准条形图、推积条形图 Error    Bar 形图
2.3 饼图
2.4 盒形图（箱线图）
2.5 频率直方图
2.6 热图