实用微生物组学信息分析精品班

作者:   2017-04-11
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为帮助各领域广大科研人员解决从方案设计、数据解读、图表绘制、数据挖掘和文章设计各环节中遇到的问题。北京市计算中心特聘请一线项目经验丰富的科研人员精心组织了本次培训课程,为保证听课质量和教学质量,本研讨班采用小班授课方式。

课程内容针对性极强、上机实践比重更达到 70%,整套课程教学目的明确,从微生物组学实验方案的宏观到细节再到注意事项的讲解,为项目能产出更有效的测序数据打下坚实的基础,上机实践课程贯穿从测序数据下机后质量评估、物种注释到数据分析和结果呈现整个流程。诚邀各领域广大科研工作者和高校教师及研究生报名参加! 

主办单位:中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专委会 
承办单位:北京市计算中心 
协办单位:云计算关键技术与应用北京市重点实验室 
中国医药生物技术学会生物医学信息技术分会 
北京市基因测序与功能分析工程技术研究中心 
中国生物工程杂志 
北京唐唐天下生物医学信息科技有限公司 
培训地点:北京海淀区丰贤中路 7 号 3 号楼,北京市计算中心三层会议室  

培训时间:2017 年 5 月 16 日-19 日(报名中)上午:9:30 - 12:00   下午:1:30 – 5:00

上课时间

授课题目

授课内容

第一天

9:30-12:00

微生物组学研究概论及进展

1、微生物组研究的发展历史
2、微生物测序分析技术及实验技术原理
3、研究热点分享

第一天

13:30-17:30

经典案例分享和方案设计与文章架构设计

1、微生物组学经典文章回顾,未来微生物组学发展方向
2、已发表各类精品文章的经验总结:包括经典项目总体设计思路、遇到的困难及解决方案
3、文章写作经验分享,包括文章架构设计、语言风格、结果呈现等写作技巧

第二天

9:00-12:00

Linux 基础操作

1、Linux 常用命令使用和上机操作
2、Linux 环境下软件安装

16s 测序分析结果解读

1、OUT 分析
2、物种分类与丰度分析
3、Alpha 多样性分析
4、Beta 多样性分析
5、显著性差异分析

第二天

13:30-17:30

16s 数据分析
(上机)

1、质控与数据拼接
2、OTU 聚类
3、物种注释
4、统计分析:(1)α多样性分析;(2)β多样性分析;(3)群落结构及丰度分析;(4)进化分析;(5)差异分析 (Lefse);(6)功能分析 (picrust)。

第三天

9:00-12:00

宏基因组测序分析结果解读

1、物种注释分析
2、差异物种分析
3、差异基因分析
4、功能注释分析
5、MGS 分析

第三天

13:30-17:30

宏基因组数据分析(上机)

1、质控
2、拼接组装
3、聚类 Binning:TETRA;    MetaCluster; Phymm 等
3、基因注释:FragGeneScan;MetaGeneMark;MetaGeneAnnotator 等
5、功能注释:RAMMCAP;Blast 等
6、统计分析:(1)物种分析;(2)功能分析;(3)差异分析;(4)比较分析

第四天

9:00-12:00

R 的数据处理功能及统计应用

1、R 的安装、运行与使用
2、R 语法介绍(R 基本符号)
3、R 数据处理,对 R 语言中常用的数据结构包括向量,数组,矩阵,列表,数据框等的介绍、使用方法及使用范围

第四天

13:30-17:30

R 绘图功能在微生物组学信息分析中的应用

1、基础绘图工具(绘图函数、参数、画图面板分割及图形的保存)
2、图形案例实际操作
2.1 散点图-点线混合图、并列散点图、坐标对数话
2.2 条形图-标准条形图、推积条形图 Error    Bar 形图
2.3 饼图
2.4 盒形图(箱线图)
2.5 频率直方图
2.6 热图

(课程内容以实际授课为准)
注:参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》,通过审稿的论文将会优先发表。

【讲师团队】邀请中科院和北京市计算中心一线工作经验丰富的老师主讲。
【报名费用】培训费:  4500 元/人(资料费、上机费、午餐费,请自带笔记本电脑以备上机实践使用)
附近最近酒店为:如家酒店(永丰店),可自行网上预定,费用自理。
【付费方式】现金、支票、银行转账、银行汇款
单位全称:北京市计算中心      账号:0200151819100023937 
开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行     (汇款信息里 备注上:「生物——您的姓名」) 

【报名优惠政策】
1、4.20 日前报名成功并缴费每人可优惠 300 元
2、3 人以上团体报名每人可减少 300 元;
3、4+1 团报,可免费赠送一个名额               
培训座位按收到报名表先后顺序安排。   

【联系咨询】
于老师    010-59341771,15600660904 邮箱:yurt@bcc.ac.cn   QQ 号:2814500767
员老师   010-59341773, 邮箱:yuanll@bcc.ac.cn

编辑: 张令宇    来源:丁香园

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