福州-微生物宏基因组学及后期数据分析专题实操班

作者:   2018-04-04
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  • 会议时间: 2017-12-08至 2017-12-12
  • 会议地点: 福州市
  • 电话:18801285948
  • 传真:010-5803 2788
  • 联系人:陈力
  • Email: zky-im@vip.163.com
  • 联系地址:暂无
  • 会议网址:暂无

微生物作为地球环境中的一大类生物群体,每种微生物都有其独特的功能。微生物学(microbiology)作为生物学的分支学科之一,在许多学科领域都发挥着举足轻重的作用。作为国内最大的综合性微生物学研究机构,为推动我国微生物学的发展,提高从业人员的技术水平,更好地与微生物研究领域的专家学者们分享、交流在微生物研究领域中的心得、经验。应广大行业工作者的要求,北京中科云畅应用技术研究院举办「生物信息学最新技术-微生物宏基因组学及后期数据分析专题培训班,由北京中科润开生物科技有限公司具体承办。培训班采用理论和演示相结合的教学形式,使学员在短时间内对微生物研究中涉及的知识和方法得到进一步地提高,同时学员与授课专家进行现场交流与咨询,探讨学员在平时工作、研究中的瓶颈问题。与同行交流以拓宽自己的研究思路,共同探讨和挖掘微生物资源的科学研究价值和应用前景。具体事宜通知如下:


一、培训特色:

主题明确,针对性强,理论和实践结合,主讲与学员研讨的方式进行

讲师拥有丰富的微生物数据分析和项目执行经验

课下主讲老师为您所遇到的问题提供个性化解答

配合研究中所需的要点, 围绕实际研究中常用的软件展开;

学员通过与专家直接交流,能够分享到顶尖学术机构的研究经验和实验设计思路。

二、培训对象:

大中专院校生命科学、生物信息、生态学、生物计算、医学;对生物信息有一定了解的

在校教师,研究生、博士生及科研单位从事该领域的研究人员

三、时间地点:   

2017 年 12 月 8 日——12 月 12 日   福建 福州
(时间安排:第 1 天报到,授课 4 天)

四、培训内容:
一、微生物组学研究趋势与方法
1、单菌不同水平(如 DNA、RNA、蛋白等)的研究趋势和方法
2、如何利用这些组学研究的内容
二、序列组装和功能分析---DNA 水平
1、如何利用和比较 illumina 和 454 数据在序列组装上的优缺点。
2、如何利用 Sanger 测序的结果进行 PCR 补洞
3、基于组装好的序列进行组分(基因、功能元件、非编码 RNA 等)和功能分析
4、微生物分析内容和方法
5、讨论如何联合 DNA 和 RNA 分析结果形成真正的 trans 研究
三、微生物基因组
(1)理论:
1、微生物基因组和转录组学研究
1.1、微生物基因组研究的意义
1.2、微生物基因组研究概况
1.3、微生物基因组的特点
1.4、微生物转录组学研究
(2)上机实习:
1.Linux 系统操作简介   
1.1 Linux 简史   1.2 Linux 与生物信息学
1.3 Linux 基本命令  1.4 Linux 基本操作综合实践 

2. 细菌基因组常规分析流程
2.1 原始数据评估   2.2 基因组拼接、注释
2.3 功能注释   2.4 进化树分析   2.5 多菌株泛基因组分析

3.Python 编程语言简介
3.1 ython 安装    3.2 Python 基本语法
3.3 ython 文件读取、文件输出   3.4ython 在生物信息中的实践

四、微生物宏基因组
(i)理论  
(1) 宏基因组学
1. 16S rDNA AMPLICON SEQUENCING 法
1.1. 测序平台、引物设计及区域选择不同测序平台、针对细菌、真菌不同微生物实验设计
1.2. 测序量及采样建议 针对水体、粪便、土壤、物体表面、口腔等不同生境
1.3. 分析流程图  数据收集、数据预处理、数据分析
1.4. 结果解析
1.4.1 OTU 聚类  1.4.2 物种注释
1.4.3 物种分布情况   1.4.4 样品复杂度分析:α多样性 、Coverage  Chao 指数 、ACE 指数、Shannon 曲线、Richness rarefaction 曲线
1.4.5 多样品比较分析:β多样性 、样品间物种丰度热图 、排序分析:CA 分析  PCoA 分析  NMDS 分析  Unifrac 分析  样品聚类分析

2. DSS(direct shotgun sequencing)法
2.1. 分析流程  2.2. 功能注释分析  2.3. 代谢途径解析

五、宏转录组学
1. 介绍
2. 物种组成、功能及代谢途径分析

六、宏基因组学实践应用
(ii)上机实习
1. 笔记本电脑配置要求建议笔记本内存 4 G 以上,64 位操作系统
2. 针对 16S rDNA amplicon sequencing 分析
2.1. 虚拟机安装:Virtual Box
2.2. 16S 分析运行环境搭建:QIIME Virtual Machine
2.3. 实例演示及结果展示
数据预处理
OTU
聚类   物种注释   OTU table 生成  α多样性分析
序列比对构建进化树  β多样性分析

3. 针对 shotgun sequencing 分析(只做流程演示讲解)
3.1. 序列质量控制:fastqc 
3.2. 序列拼接
3.3. 基因预测及丰度分析  3.4. 物种注释
3.4. 功能注释  3.5. MetaSPAdes、MEGAN、metAMOS 等软件介绍

(2)上机实习:perl 语言在微生物基因组分析中的应用
1. erl 入门
1.1 erl 语言简介 1.2 基本操作
1.3 控制结构  1.4 模式匹配
2. erl 语言操作综合实践
2.1 基因组拼接质量评估  2.2 测序深度和覆盖度计算  2.3 scaffold 序列处理等

五、主讲专家:
主讲专家来自中科院等科研机构的高级专家,拥有丰富的科研及工程技术经验,长期从事生物信息领域项目研究,具有资深的技术底蕴和专业背景。

六、颁发证书:学员经培训考试合格后可以获得:
1.由北京中科云畅应用技术研究院颁发的生物信息培训班结业证书。
2.注:请学员提供电子版白底彩照、身份证复印件一张。

七、报名办法及费用: 
每人¥4300 元(含报名费、培训费、资料费、考试费、证书费),食宿可统一安排,费用自理。请各有关部门统一组织本地区行政、企事业单位报名参加培训,各单位也可直接报名参加,报名回执表请回传至会务处。

八、 联系方式:
联系电话/传真: 010-5803 2788   
联系人: 陈力   188 0128 5948
报名邮箱:zky-im@vip.163.com

编辑: 姚俊华   

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