武汉基因组转录组学术交流学习班

作者:   2018-04-04
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  • 会议时间: 2017-12-14至 2017-12-18
  • 会议地点: 武汉市
  • 电话:136 9146 0671
  • 传真:暂无
  • 联系人:于慧
  • Email: 2797053529@qq.com
  • 联系地址:暂无
  • 会议网址:暂无

一、培训目标及特点: 
本培训以第三代测序、第四代测序技术的应用与数据分析、基因组、转录组为主题,精心设计了具有前沿性、实用性和针对性强的理论课程和上机实操课程。培训邀请的主讲人均是有理论和实际研究经验的人员,学员通过与专家直接交流能够分享到这些顶尖学术机构的研究经验和实验设计思路。学员通过集中专题学习后能够扩展思路,在研究技术方面领悟更多。   

二、培训对象: 
大中专院校生物信息、生物计算、生命科学、医学、化学、农学、计算机科学、数学类专业的课程负责人、一线教师、教研室骨干人员、教学管理人员;科研单位从事生物、生命科学、微生物研究的相关人员;生物、医药、化学及相关企业的领导与技术骨干。   

三、时间地点:
2017 年 12  月 14  日——12 月 18 日   武汉  (时间安排:第 1 天报到,授课 4 天)

四、培训内容章节内容
生物信息学介绍生物信息学介绍与前沿技术动态
1、全局比对  Clustalw,Muscle,Hmmer 序列的比对
2、局部比对  Blast, Sim4,Genewise
3、序列比对算法分析

1、新一代测序技术原理和数据处理介绍
2、基因组拼接与组装  基因组 de novo 组装方法  重复序列分析技术
3、 RNA 分析基因组/基因注释分析 tRNA,rRNA,microRNA,snoRNARNA 干扰,SiRNA 预测技术 
4、基因预测  原核:Glimmer,真核:Genescan, Augustus
5、 基因功能注释及常用的数据库介绍 

1、structural genomics: 结构基因组学基因组学研究概述
2、functional genomics: 功能基因组学
3、Drug discovery: 药物研发 
4、Personalized medicine:个性化、精细医疗   

1、第一代测序技术:Sanger 测序原理 DNA 测序技术-转录
2、第二代测序技术:Illumina,454, Ion Torrent 原理
3、第三代测序技术:PacBio, Hellicos 原理组分析的进化
4、第四代测序技术:  Oxford NanoPore 原理 
5、其他技术 

Hybridization based methods (NabSys) IntroductionExperimentalNumber of duplicationsprocedure forSequencing coveragetranscriptomicTranscriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)analysisTranscriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq) IsoSeq Experimental designData analysisevaluation of data quality 数据分析(part 1):dataData format,fasta,fastq,quality value,gff3 Data cleanuppre-processingQuality filter, trimmer, clipper  

Gene discovery Trinity de novo transcriptome assembly Analysis of Differential Expressed Gene(DEGs)Data analysis(partAbundance estimation using RSEM2):reference freeDifferential expression analysis using EdgeRanalyses(无参转录 Explore the results (cummerbund) 组分析)MA plot, Volcano plot, False Discovery Rate (FDR) hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene expression profiles.   使用 R 语言进行生物使用 R 语言相关的包对转录组等组学的高通量测序数据进行差异表达、富集分析等。信息学相关的分析生物信息学专业图 KEGG、GO 等的绘制方法与运用 R 语言进行实现    基因组可视化软件使用 circos 绘制基因组圈图 circos 的使用    生物信息学专业常用应用生物信息常用的工具进行专业绘图及格式转换;学 BioEdit、WeGO 等常用生物学专业软件的图表及格式转换工具及绘图方法    

五、主讲专家:
主讲专家来自中科院基因所等科研机构的高级专家,拥有丰富的科研及工程技术经验,长期从事生物信息领域项目研究,具有资深的技术底蕴和专业背景。

编辑: 潘文娟   

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