ASCO 预热:恶性胃肠道肿瘤患者肿瘤突变负荷研究

2018-05-29 13:03 来源:丁香园

美国临床肿瘤学会(ASCO)成立于 1964 年,是世界上规模最大,学术水平最高,最具权威的临床肿瘤学会议。2018 年 ASCO 第 54 届年会将于 6 月 1 日至 5 日在芝加哥举行。届时将汇集来自世界各地的 32,000 多名肿瘤专家。今年会议的主题为「传递发现:扩展精准医学领域」。

标题:日本癌症基因组筛选项目 SCRUM-Japan GI-SCREEN 中各种晚期胃肠道(GI)恶性肿瘤患者的肿瘤突变负荷(TMB)大规模分析。(Abstract 12094)

背景:晚期胃肠道(GI)恶性肿瘤的肿瘤突变负荷(TMBs)水平尚未得到很好的表征。本研究使用 Oncomine 肿瘤研究 panel(OCP) 对晚期 GI 恶性肿瘤患者的肿瘤组织样本进行靶向基因测序,并对测序结果进行 TMB 计算与研究。该研究结果将作为日本癌症基因组筛选项目(SCRUM-Japan GI-SCREEN)的一部分。

方法:首先,本研究使用癌症基因组图谱(TCGA)中 10,183 个样品的全外显子组测序(WES)数据评估 OCP panel 用于 TMB 分析的准确性。然后,根据 1,759 例 GI 肿瘤中的体细胞非同义突变计算 TMB 值。这些 GI 肿瘤包括:结直肠癌(CRC,n = 751),胃癌(GC,n = 509),食管癌(EC,n = 143),胰腺癌(PC,n = 136),胆道癌(BTC,n = 92),小肠癌(SIC,n = 30),胃肠道间质瘤(GIST,n = 29),肝细胞癌(HCC, n = 27),神经内分泌肿瘤/癌症(NET/NEC,n = 27),阑尾癌(AC,n = 12)和肛管癌(ACC,n = 3)。每兆碱基上突变数高于 20(mt/Mb)则被定义为高 TMB 值。同时,本研究还使用 PCR 方法检测 CRC 样本的微卫星不稳定性(MSI)水平。

结果:基于 TCGA 数据从 OCP 靶向区域计算得到的 TMB 值与来自 TCGA 全外显子组测序数据计算得到的 TMB 值有强相关性(R2 = 0.720)。 GI-SCREEN 中各种 GI 肿瘤的 TMB 值的范围为 0~103.6 mt/Mb。在 CRC 中,75% 的高 MSI(MSI-H)和 17% 的非 MSI-H 肿瘤患者同时具有高 TMB。在其他类型的 GI 肿瘤中,13% 的 GC,17% 的 EC,28% 的 PC,26% 的 BTC,30% 的 SIC,7% 的 GIST,7% 的 HCC,15% 的 NET/NEC,25% 的 AC 和 33% 的 ACC 组织样本也检测到高 TMB。 研究结果发现患者的 TMB 值与患者性别、年龄、组织学(腺癌与鳞状细胞癌)、既往化疗或放疗史无关。具有 DNA 损伤应答(DDR)基因(ATM,BRCA1,BRCA2,MLH1 和 MSH2)突变的患者与野生型 DDR 基因患者相比具有更高的 TMB(p < 0.001)。

结论:不同类型的晚期胃肠道恶性肿瘤中 TMB 值差异较大。 TMB 也可作为一项预测 GI 恶性肿瘤患者能否从肿瘤免疫疗法中获益的评价指标。项目临床试验信息:UMIN000016343。

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编辑: zhangyuxuan

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