美国临床肿瘤学会（ASCO）成立于 1964 年，是世界上规模最大，学术水平最高，最具权威的临床肿瘤学会议。2018 年 ASCO 第 54 届年会将于 6 月 1 日至 5 日在芝加哥举行。届时将汇集来自世界各地的 32,000 多名肿瘤专家。今年会议的主题为「传递发现：扩展精准医学领域」。
标题：日本癌症基因组筛选项目 SCRUM-Japan GI-SCREEN 中各种晚期胃肠道（GI）恶性肿瘤患者的肿瘤突变负荷（TMB）大规模分析。（Abstract 12094）
背景：晚期胃肠道（GI）恶性肿瘤的肿瘤突变负荷（TMBs）水平尚未得到很好的表征。本研究使用 Oncomine 肿瘤研究 panel(OCP) 对晚期 GI 恶性肿瘤患者的肿瘤组织样本进行靶向基因测序，并对测序结果进行 TMB 计算与研究。该研究结果将作为日本癌症基因组筛选项目（SCRUM-Japan GI-SCREEN）的一部分。
方法：首先，本研究使用癌症基因组图谱（TCGA）中 10,183 个样品的全外显子组测序（WES）数据评估 OCP panel 用于 TMB 分析的准确性。然后，根据 1,759 例 GI 肿瘤中的体细胞非同义突变计算 TMB 值。这些 GI 肿瘤包括：结直肠癌（CRC，n = 751），胃癌（GC，n = 509），食管癌（EC，n = 143），胰腺癌（PC，n = 136），胆道癌（BTC，n = 92），小肠癌（SIC，n = 30），胃肠道间质瘤（GIST，n = 29），肝细胞癌（HCC, n = 27），神经内分泌肿瘤/癌症（NET/NEC，n = 27），阑尾癌（AC，n = 12）和肛管癌（ACC，n = 3）。每兆碱基上突变数高于 20（mt/Mb）则被定义为高 TMB 值。同时，本研究还使用 PCR 方法检测 CRC 样本的微卫星不稳定性（MSI）水平。
结果：基于 TCGA 数据从 OCP 靶向区域计算得到的 TMB 值与来自 TCGA 全外显子组测序数据计算得到的 TMB 值有强相关性（R2 = 0.720）。 GI-SCREEN 中各种 GI 肿瘤的 TMB 值的范围为 0～103.6 mt/Mb。在 CRC 中，75% 的高 MSI（MSI-H）和 17% 的非 MSI-H 肿瘤患者同时具有高 TMB。在其他类型的 GI 肿瘤中，13% 的 GC，17% 的 EC，28% 的 PC，26% 的 BTC，30% 的 SIC，7% 的 GIST，7% 的 HCC，15% 的 NET/NEC，25% 的 AC 和 33% 的 ACC 组织样本也检测到高 TMB。 研究结果发现患者的 TMB 值与患者性别、年龄、组织学（腺癌与鳞状细胞癌）、既往化疗或放疗史无关。具有 DNA 损伤应答（DDR）基因（ATM，BRCA1，BRCA2，MLH1 和 MSH2）突变的患者与野生型 DDR 基因患者相比具有更高的 TMB（p < 0.001）。
结论：不同类型的晚期胃肠道恶性肿瘤中 TMB 值差异较大。 TMB 也可作为一项预测 GI 恶性肿瘤患者能否从肿瘤免疫疗法中获益的评价指标。项目临床试验信息：UMIN000016343。
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