生物医学数据挖掘培训班

作者:   2019-09-02
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高通量芯片及测序技术的快速发展和应用积累了海量的生物学数据,多个数据库诸如GEO、TCGA、ArrayExpress等被建立用来存储、查询以及分析挖掘有意义的生物信息。这些数据库具有免费、公开、操作界面友好的特点,几乎覆盖了所有器官、组织、细胞相关的基因组、转录组、表观组、蛋白质组等数据。了解这些数据库,掌握数据挖掘的相关技巧将有助于我们快速寻找靠谱的研究靶点,提高科研的质量和效率,发表高质量的SCI论文,奠定基金申请所需的前期工作基础等。

适用人群
通过生信大数据分析,提炼并研究科学问题的科研人员、研究生、博士生
有科研需求的临床医生
企事业单位的研发技术人员

课程特点
1. 零基础入门级,无需生物信息学背景、无需编程能力,教你如何运用现有数据库挖掘有价值科研信息
2. 交互式数据分析和探索,从多个数据源获取数据,并将数据转化为可用的形式
3. 以教学为目的,具有指导性、学习性,内容集中,通俗易懂,学完能够快速上手
4. 理论与实操相结合,注重思路与案例带教齐头并进,真正有效帮助生物医学研究人员对相关技术的掌握和灵活运用

课程安排

时间安排课程内容 介绍
2019年10月19日
09:00-10:20生物数据挖掘与科研
  1. 生物数据挖掘概述

  2. 常规高通量检测技术介绍

了解掌握生物大数据挖掘的背景知识
10:40-12:00常用数据库
  1. 基因综合数据库NCBI

  2. 基因表达数据库GEO

掌握生物数据解读、查找和存储的能力
13:30-15:00差异表达分析
  1. 方法介绍

  2. 软件实现

  3. GEO2R工具

  4. 差异基因可视化

  5. 热图绘制

无需编程,快速实现差异基因表达分析和可视化,掌握绘制热图的常规软件
15:20-17:00功能富集分析
  1. 基本原理介绍

  2. GO与KEGG数据库

  3. 富集分析常用软件介绍

  4. 功能富集分析结果可视化及解读

掌握GO、KEGG、DAVID等数据库的使用
2019年10月20日
09:00-10:20基因/蛋白互作分析
  1. 基因/蛋白互作数据库介绍

  2. Cytoscape软件介绍与操作

  3. 网络拓扑性质分析

  4. 常用插件使用

熟练运用Cytoscape绘制高质量的基因/蛋白互作网络图,并掌握利用网络拓扑性质实现关键靶点的挖掘策略
10:40-12:00数据挖掘相关SCI文章解析
  1. 研究靶点挖掘策略

  2. 经典SCI文章套路解析

经典文章解析进一步理解数据挖掘的相关思路
13:30-16:00实操
  1. 基因和蛋白基本信息查找

  2. Blast序列比对

  3. Primer-BLAST PCR引物设计

  4. GEO数据库查找

  5. GEO2R软件应用

  6. 热图绘制

  7. GO数据库查询

  8. KEGG数据库查询

  9. DAVID功能富集分析

  10. STRING数据库挖掘互作关系

  11. Cytoscape绘制基因互作网络

  12. 关键基因(hub节点)寻找

  13. MCODE子网络模块挖掘

通过自己动手进一步理解高通量数据挖掘的理念,掌握常用软件的使用。
16:00-17:00交流与答疑


讲师介绍:
陈博士,北京协和医学院博士毕业,目前在大型综合三甲医院专职科研,发表SCI论文十余篇,擅长生物信息学与基础医学交叉研究、数据库信息挖掘及数据可视化。
 
课程预期
1. 学会利用现有公共数据库挖掘相关疾病潜在靶点的思路2. 掌握实现数据挖掘的关键软件3. 数据可视化及高质量科研图片绘制

培训地点:北京
报名咨询:

张依寒 13681810839  (微信同号)

邮箱:zhang.yihan@foxmail.com; wservice@acadeevent.com

编辑: 会议君   

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