项目介绍
清华大学药学依托在结构生物学、化学、生物学等方面的突出优势,结合薛定谔公司在计算化学领域的领先成果设计开发“计算机辅助药物设计(CADD)”应用课程。自2016年起,已成功举办2期，该课程已覆盖众多国际大型医药公司专业技术人员,已成为相关从业人员的一项必备技能。
2019年第三期WORKSHOP即将举办，通知如下：
时 间： 10月26日-27日
上 午: 08:30-11:30、下午: 13:30-16:30
地 点： 10月26日,医学科学楼B323
10月27日,医学科学楼B416
费 用: ￥1800元/人（注：清华校内师生凭证件号报名免费）
报名及下载方式
第一步、请扫描右侧二维码参与报名；
第二步、报名审核通过后，助教老师电话通知报名成功；
第三步、下载软件并获取机器码（注：一机一码）；
第四步、10月23日20:00之前务必完成以上准备工作。
缴费信息
开户名称: 清华大学
账户名称: 中国工商银行股份有限公司北京海淀西区支行
账号信息: 0200 0045 0908 9131 550
附言内容: 2019药物辅助设计+ 姓名
联系方式
清华大学药学院FE中心
冯老师、谭老师
电 话: 010-62799349
手 机: 18310370865、18801381063
邮 箱: sps-cfe@mail.tsinghua.edu.cn
清华大学药学院技术支持
韩博士17600327268
马助教18810399871
主讲人介绍
Hubert Li
Hubert got his B.S. in bioengineering from UCSD. He then received his Ph.D. in biological sciences from City of Hope where he used computational approaches to study various aspects of GPCRs (ligand binding, transmembrane dynamics, and activation). In 2010 he achieved first place in GPCR Dock 2010 competition. He joined Schr?dinger in 2016 as senior scientist. He is working out of the San Diego office.
Jianxin Duan
Jianxin got his M.S. in chemical engineering from Lunds University, Sweden. He received Ph.D. in biophysics and biochemistry from Karolinska Institute, Sweden. During that time he focused on applying MD in various biomolecular interactions such as multimer folding, protein-DNA interactions etc. He joined Anterio Consult and Research GmbH, Mannheim as post-doctoral fellow working in virtual screening and optimization against a sugar binding protein. In 2006 he joined Schr?dinger and currently he is currently Director of Scientific Support.
内容介绍
1-1 Maestro Introduction
Maestro是薛定谔多年研究和开发的结晶，是薛定谔所有计算技术的门户，它不仅仅是直观有效完成工作的用户界面，还可以帮助研究人员组织和分析数据。本教程将探讨Maestro对化学家在药物研发过程中创意的生成和先导化合物的优化阶段有帮助的一系列任务和工具。
1-2 Antibody modeling in Bioluminate
BioLuminate是一个全面的用户界面，利用行业领先的模拟技术和高效的任务组织和工作流程，解决与生物分子设计相关的问题。本教程将介绍BioLuminate提供的抗体的同源建模，从序列自动预测CDR loop区，以及抗体蛋白聚合预测。
1-3 Structure based virtual screening
随着越来越多的药物研发项目可以获得其靶点的高分辨率晶体结构，高性能配体-受体对接作为明确的计算策略，其结果可以丰富化学数据库中合适的候选先导化合物的比例，从而提高生产力和降低药物开发成本本。本教程将指导如何生成蛋白质受体网格，将配体对接到受体网格中，并分析对接结果。
1-4 Molecular dynamics
分子和凝聚相系统本质上是动态的，这些系统包括蛋白质- 配体复合物，混合溶剂中的小分子，有机固体以及合成的大分子复合物，分子动力学（MD）模拟作为基本计算工具，通过分析分子和原子水平上的运动，理解关键的物理化学现象，为解决许多药物发现问题以及为应用开发各种新材料打开大门。本教程演示了如何使用分子动力学工具探索小分子和蛋白质-体复合物的构象空间并进行构象灵活性分析。
2-1 Pharmacophore modelling
药效团建模在过去的25年中证明了其在药物设计中的价值，在靶标识别，核心迁跃和先导化合物优化方面都取得了成功。通过确定与受体相互作用的化学特征的空间排列，药效团建模有助于在没有蛋白质结构的情况下理解未知的结合位点。针对这些特征的虚拟筛选可以有效地鉴定可能结合靶标受体的新化合物和化学型。本教程演示了如何从同类配体组和多样化配体组中产生药效团假设，如何使用产生的药效团假设筛选化合物数据库。
2-2 WaterMap
Watermap绘制了蛋白质结合位点中水分子的位置和热力学性质，并以图形方式显示计算结果，便于水合位点的可视化，使SAR的解释更直观，提供了可能提高先导化合物活性和选择性的优化设计路线。本教程将演示如何设置watermap计算，分析计算结果，以及根据计算结果来指导化合物的设计。
2-3 Free energy perturbation
由于力场和采样算法的不断改进，加上低成本并行计算的实现，自由能计算的结果可以与实验测定的结合亲和力进行有意义的比较。FEP+直观的用户界面允许用户轻松设置所需要的自由能干扰，并且能够方便的可视化和检查计算结果。这些进步使得计算机模拟能够对先导化合物优化提供更好的综合决策，帮助项目团队更有效，更成功地开发候选化合物。本教程将探讨FEP+计算前重要注意事项，演示如何设置FEP+ 作业和分析FEP+结果。
2-4 Case study
通过这次课程，大家对于比较常见的模拟方法有了一定的了解。最后我们将使用已发表的基于结构药物研发的数据，讲述一个药物研发的项目。从最早的靶点分析，骨架迁跃到后期基于FEP的先导物优化，贯穿各种模拟方法。
