转录组分析与全基因组重测序分析实训班

作者:   2019-12-04
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各科研单位:

随着新一代高通量测序技术的快速发展,在准确度大大提高的前提下, 进一步降低测序成本。由此不断产生出巨量的分子生物学数据,这些数据有着数量巨大、关系复杂的特点,以至于不利用计算机根本无法实现数据的存储和分析。随着生物信息学作为新兴学科迅速蓬勃发展,正在改变人们研究生物医学的传统方式,高通量测序技术以及数据分析技术已成为探索生物学底层机制和研究人类复杂疾病诊断、治疗及预后的重要工具,广泛应用于生命科学各个领域,是21世纪生命科学与生物技术的重要战略前沿和主要突破口。为进一步推动我国生物信息学特别是基因组学的发展,提高从业人员的技术水平。由中科成创(北京)生物技术有限公司具体承办,具体事宜通知如下:

一、培训目标及特点:

本培训以转录组学与基因组学的应用与数据分析为主题,精心设计了具有前沿性、实用性和针对性强的理论课程和上机课程。培训邀请的主讲人均是有理论和实际研究经验的人员。学员通过与专家直接交流,能够分享到这些顶尖学术机构的研究经验和实验设计思路。学员通过集中专题学习后能够扩展思路,在研究技术方面领悟更多。

二、授课专家:

主讲专家来自中科院科研机构的高级专家,拥有丰富的科研工作经验,长期从事生物信息学方面的项目研究,发表Nature, Nature Cell Biology, Molecular Cell等杂志40多篇。具有资深的技术底蕴和专业背景,目前承担国家科技部、国家自然基金委和市科技新星项目等多项课题。

三、培训对象:

大中专院校生物信息、生物计算、生命科学、医学、化学、农学、计算机科学、数学类专业的课程负责人、一线教师、教研室骨干人员、教学管理人员;科研单位从事数据分析实验室人员、生物、生命科学、微生物研究的相关人员;生物、医药、化学及相关企业的领导与技术骨干。

四、时间地点:

2019年12月26日——12月29日   河南  郑州

(时间安排:第1天报到,授课3天)

五、培训内容:

第一天

9:00-12:00

Lunix系统讲解

R语言1.常规基础Linux命令入门讲解及实操训练。

2.R语言简介及安装,RStudio的安装及使用说明。

3.R语言语法介绍及常用命令。

4.R语言画图实操,tSNE,小提琴图,热图,网络图,GO、KEGG富集图等图形绘制(实操)。

13:30-17:30

转录组学数据分析在植物、动物、农学、医学等领域的应用理论讲解

1.转录组技术发展前沿动态。

2.转录组应用案例。

3.转录组分析应用热点。

第二天

9:00-12:00

转录组数据分析流程及实操

1.转录组数据准备和软件介绍。

2.转录组数据标准化。

3.转录组数据比对。

4.DESeq2进行表达量估计和分析(实操)。

13:30-17:30

转录组数据挖掘和关联分析上机实操

1.转录组聚类分析(实操)。

2.通过ggsurvival构建生存曲线(实操)。

3.通过cox分析构建预后模型(实操)。

4.lncRNA与mRNA关联分析。

5.个性化分析方案。

第三天

9:00-12:00

基因组学学数据分析在植物、动物、农学、医学等领域的应用及上机操作

1.基因组学生物信息学前沿技术动态

2.基因组重测序及数据分析

3.数据模拟(实操)

4.数据过滤及质量评估(实操)

5. SOAP/Bwa/Bowtie 等软件的使用

13:30-17:30

单细胞测序技术应用与案例介绍、10×单细胞转录组数据分析思路及流程

1. 单细胞组学技术原理和科研应用。

2. 近年单细胞方向高分文章思路解析和案例介绍。

3. 10×官方单细胞软件Cell ranger讲解及实操。

4. 从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操。

5. 通过Seurat软件进行PCA及tSNE降维。

(*实际授课还会增加一些学员报名时反馈的感兴趣内容,希望参会人员可以把自己想了解的内容,报名时一起填写在回执表上。大家在上课期间有什么问题,都可以随时提出,如果有针对性问题可在 课间、课下和老师进行交流;)

六、报名办法及费用:

每人¥3980元(含报名费、培训费、资料费、上机费)

团队报名:4+1优惠。(5位其中1位免除费用)

食宿可统一安排,费用自理。各单位人员报名参加,报名回执表请回传至会务处即可。

如单位有内训需求,请将内训方案传至会务组,根据单位需求安排相应专家进行授课

编辑: 会议君   

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