2014.4.10-4.12日《宏基因组数据分析专题培训》——北京市计算中心

作者:   2014-02-13
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  • 会议时间: 2014-04-10至 2014-04-12
  • 会议地点: 北京
  • 电话:010-59341771
  • 传真:
  • 联系人:小张
  • Email: zhangly@bcc.ac.cn
  • 联系地址:北京市海淀区丰贤中路7号3号楼320室
  • 会议网址:http://bioc.bcc.ac.cn/China/

为了解决科研工作者在宏基因组样品制备、数据分析、功能基因挖掘等的困扰,生物部特推出《宏基因组分析专题研讨班》。专业的讲课老师团队与您一起交流,解决您的困扰、探讨科研奥秘、拓宽科研思路、挖掘科学价值,欢迎您报名参加!
主办单位:北京市计算中心
举办地:北京,北京市海淀区丰贤中路7号北科产业3号楼
培训时间:2014年4月10-12日  9:00-12:00 13:30-16:30
报名截止:2014年 4月10日


日期

授课题目

授课内容

第一天

宏基因学研究的发展和挑战

1、宏基因组研究的发展历史
2、典型的宏基因组研究及应用
3、两种宏基因组研究的策略
4、宏基因组数据分析中的挑战
5、数据分析过程中的编程简介

宏基因组实验技术

1.宏基因组学简介(相关概念,主要研究内容,3大宏基因组学研究计划等)
2.样品采集及meta DNA提取(不同来源样品如何采集、保存、运输等,细胞富集、破碎以及DNA提取与检测的方法和相关注意事项)
3.基于16S rRNA基因的实验策略(16S扩增引物选择、快速文库制备、筛选策略的选择等)
4.基于全基因组测序的实验策略(克隆文库构建、高通量测序文库制备及质量检测)
5.功能宏基因组实验策略(荧光标记物的选择,流式细胞仪简介及细胞分选原理,微流控芯片工作流程,单细胞实验流程等)

第二天

基于16s rRNA测序的宏基因组数据分析技术

1、16S rRNA简介
2、研究案例
3、16S rRNA测序分析的一般流程
4、数据资源及软件工具介绍
5、不同测序数据分析的比较
6、其他软件介绍与操作
功能基因的预测分析 \代谢通路分析

基于shotgun测序的宏基因组数据分析技术

一、宏基因组学背景
1 宏基因组的概念
2 宏基因组的研究内容
3 宏基因组的探索历程
4 当前宏基因组研究的策略
二、WGS测序分析的一般流程
1 流程概览
2 文库构建和测序方式选择
3 质量控制和污染序列去除
4 序列整合和分选
5 NR-BLAST和MEGAN分析
6 序列拼接和基因预测注释
7 循环处理
三、经常使用的数据资源和工具(重点)
1 NR/MG-RAST和reference
2 RAPSearch和alignment
3 MEGAN和classification
4 SOAP-denovo和assembly
5 BWA/inGAP和mapping
四、数据统计与结果展示(重点)
1 测序量和拼接效率
2 从比对文件中提取信息
3 物种/功能分类和组成
4 群落结构多样性
5 聚类和相关性
6 其它⋯⋯
五、WGS测序分析的典型案例
1 人类微生物组计划-HMP
2 地球微生物组计划-EMP
3 反刍动物胃宏基因组
4 环境病毒组和噬菌体
5 从相关案例看WGS的优势
六、一些工具的操作演示(上机)

第三天

宏基因组研究的难点:宏基因组拼接\非拼接策略的数据分析

1.宏基因组拼接必要性
2.基因组拼接组装算法原理和流程
3. 宏基因组拼接的特点及难点
4. 基于非拼接的宏基因组研究策略
5.上机操作,演示SOAPdenovo2, MetaIDBA, SPAdes等软件的使用

QIIME在宏基因组分析中的应用(上机操作)

1、单样品物种多样性分析
A)序列聚类OTUs(Operational Taxonomic Units)
B)测序深度判定(Rarefaction Curve)
C)物种多样性及丰度分析(Relative Abundances)
2、多样品物种多样性分析,包括以下内容:
A)多样品OTUs比较(OUT Heatmap、Venn图)
B)多样品相似度比对(UPGMA 聚类分析)
C)多样品群落构成比较分析(柱状图)
D)Weighted PCA(Principal Component Analysis)分析
E)Unweighted PCA分析
F)组间差异显著性分析

 

【注】:以上课程信息实际上课为准

【讲师团队】
来自计算中心、中国科学院北京生命科学研究院、中国地质大学等等,均在生物信息领域有丰富的工作经验。
【收费标准】
注册费:3500元/人,包括学费、资料费、上机费。培训期间可免费提供工作餐。可协助安排住宿,食宿费用自理。
【报名优惠政策】
1、3.1日前预报名的学员每人可优惠400元,
开课前20天报名的学员每人可减少200元,
开课前10天报名的学员每人可减少100元。
2、2人团报每人可减免200元,3人以上团体报名每人可减少400元;
3、任意两班同时报名可减少300元;
4、4+1团报,可免费赠送一个名额                
5、上面4种优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种。
6、老学员、老学员介绍的学员均可以再优惠200元。
培训以收到学员培训费为成功报名,培训座位按收到费用先后顺序安排。
【注意事项】
1.已经成功付款的学员,如在开课前7个工作日前联系主办方撤销席位,可退还100%的注册费用;如在开课前3个工作日内(含3个工作日)要求撤销席位则退还80%的注册费用。
2.撤销席位后,学员可提交延期申请,可参加当前时间到2013.12.12日期间由北京市计算中心举办的各类培训,费用将采取多退少补原则。逾期不参加任何培训课程可申请退款,退款期间产生的所有费用由学员本人承担
【请联系】
小张  010-59341771 ,18618295767,QQ号:2814500767,邮箱:zhangly@bcc.ac.cn
小员  010-59341773,  18701529461 ,   邮箱:yuanll@bcc.ac.cn
【付费方式】  现金、支票、银行转账、银行汇款
单位全称:北京市计算中心
账    号:0200151819100023937
开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行
(备注:在汇款明细里加上“生物计算事业部——您的姓名”)如需发票请注明发票抬头,培训结束后统一开具发票(培训费、注册费、会议注册费、技术服务费、信息服务费等),有其他特殊要求请声明。

报名回执表:


培训班类型:(可多选)

□实用生物信息学培训班  □论文发表所需的图表处理实用技能
□宏基因组分析专题研讨班  □Perl语言培训(零基础初级班)

姓名: 

 

性别

 

民族:

 

职称:

 

身份证号

 

工作单位:

 

住宿:

是□;否□

研究方向:

 

通讯地址:

 

邮编:

 

固定电话:

 

手机:

 

E-mail:

 

报名种类:

A□           B□           (该选项仅报名生物信息培训班人员填写)

对课程了解情况

☆☆☆☆☆

感兴趣的课程: 

 

信息渠道:

□中心主页 □邮件宣传(张利英、员丽丽)□邮件宣传(李艳、周会奇)邮件宣传(韩海平)□海报 □单页 □销售员  □丁香园  □生物论坛  □生物通邮件、主页  □朋友推荐               

发票抬头:

 

发票内容:

 

住宿明细

入住时间:
离店时间:

房间类型

□大床间
□标间  □合住    □不合住
□拼房(与其他学员拼标间)

备注:

 
                           
确定报名后,请将回执表发到上述联系人邮箱里。如在两日内没有收到回复,请电话联系确认。

编辑: meeting201   

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