Python是一种简单易学,功能强大的编程语言。它有高效率的高层数据结构,能够简单、有效地实现面向对象编程。Python语法简洁,支持动态输入,是解释性语言。在大多数平台上,对于众多领域,Python都是一个理想的开发语言,特别适合于应用程序的快速开发。Python在生物信息领域更是有着广泛的用途,几乎是入门生物信息学的首选编程语言。
课上针对目前实用的众多python扩展包,例如科学计算、网络爬虫等都会有所涉及。
培训特色:
1、全面的课程--技术应用、原理流程、实例联系全贯穿
2、理论知识与上机操作相结合,为每位学员提供实际操作机会
3、增值服务,课下主讲老师将为您实际工作中遇到的问题提供个性化解答
培训目标:
掌握生物信息学与Python的基础知识,学会Python执行最常见的编程,了解BioPython的基本应用,通过生物信息学Python程序实例与应用,深刻理解并掌握生物信息学Python语言使用的要点。
主办单位:北京市计算中心
授课形式:线上直播
课程安排:2020.5.26-29 上午9:30-11:30 下午13:30-17:00
课程内容:
一、Python概述及其在生物信息领域的应用
概括介绍Python语言的概念及特点,及其在生物信息领域的应用
二、Python软件安装、运行与基本操作
Python及iPython的安装及使用,Python程序的运行;
DOS、Unix命令行操作基本命令;
Python变量定义、数字及基本运算
三、核心数据类型
(1) 列表、元组、字符串、字典
1、基本语法结构:判断结构、循环结构、异常处理
2、实例练习 使用python编程,生成斐波那契数字序列
3、文件与文件夹操作 文件的读入与写入、文件夹操作
4、实例练习 FASTA文件的处理:
1)序列基本信息的统计(序列数、碱基数、及平均长度)
2) fasta序列反向互补转换和切割
四、函数和模块
系统库函数、第三方函数、自定义函数;模块定义、导入、使用
五、正则表达式
Python特色功能正则表达式学习与应用
六、实例练习
系统命令在python中的调用,大数据文件的分割及合并
七、BioPython简介及应用实例
1、BioPython安装及学习,生物信息学中的实际应用
2、BioPython快速应用 使用BioPython处理传统的生物信息数据
3、实例练习
应用biopython实现genbank、uniprot格式数据转换为fasta格式。
应用biopython在blast xml结果文件中提取目的信息。
报名费用
注册费:3600元/人(含本次听课费、上机账号1个、资料费、证书费、考试费(如有),赠送一年内同等金额同课程体系线下班一个和线下7折班一个)。
备注:若您不方便参加线下班可将赠送的线下班换成2个线上班。
开具增值税发票,提供盖章通知、结业证书等相关材料。
课程结束后,可将上课期间用到的数据、PPT资料、脚本、视频等相关文档,通过移动硬盘邮寄的方式快递到您手上,便于您后续继续学习使用。
报名优惠政策
1、3人以上团体报名每人可减少300元;
2、4+1团报,可免费赠送一个名额;
3、上面优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种;
老学员参加及推荐学员参加均可额外优惠200元。
包年优惠价
按年付费,45000元/人。包括报名后1年以内所有线上+线下课程,全年免费参加;高性能计算资源基础账号1个,使用期限1年。
付费方式
银行账号信息:
单位全称:北京市计算中心
账号:0200151819100023937
开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行
(汇款信息备注:“生物计算——您的姓名”,个人汇款请备注“生物+您姓名+单位名称”)