干细胞群体的自我更新和增殖在某种程度上是由凋亡诱导控制的。因此，干细胞的数量在因分化/凋亡而损失与因增殖而获得之间达到平衡。干细胞的凋亡被认为是一个动态过程，它随环境条件而变化。干细胞中凋亡的失调被认为是引起一些癌症病状的原因，而凋亡耐受则会引起生长失控（即胶质细胞瘤）。控制凋亡也是干细胞移植研究的一个焦点。
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