《重测序专题培训班》——北京市计算中心

作者:   2014-05-20
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  • 会议时间: 2014-05-21至 2014-05-23
  • 会议地点: 北京
  • 电话:010-59341771
  • 传真:
  • 联系人:张利英
  • Email: zhangly@bcc.ac.cn
  • 联系地址:北京市海淀区永丰产业基地丰贤中路7号
  • 会议网址:http://bioc.org.cn/China/

如您所知,近年来,以基因组科学为代表的研究工作和技术平台先后获得各项资助,如国家863计划、973计划、中国科学院知识创新工程、国家重大攻关项目、自然科学基金,等。为了辅助广大科研工作者掌握高通量测序技术原理、实验设计以及后期数据分析技能,北京市计算中心生物计算事业部与军事医学科学院微生物流行病研究所生物信息学研究室联合举办“实用生物信息学”培训研习班。

主办单位:北京市计算中心   中国生物工程杂志社

军事医学科学院微生物流行病研究所生物信息学研究室

培训地点:北京海淀区丰贤中路7号3号楼,北京市计算中心三层会议室

本次课程时间:2014.6.9-2014.6.13 

上午:9:30-12:00      下午:13:30-16:30 

日期 授课题目

授课内容

第一天

生物信息学导论

1.生物信息学发展简史(重点讲解)

2.生物信息学主要研究领域(重点讲解)

3.生物信息学软件和工具

4.生物信息学重要会议 

生物信息学基础(上机操作)

1、linux基础

掌握Linux系统下的常用命令(重点)

掌握linux环境下软件的安装使用

了解shell脚本的编写

2、perl基础

介绍Perl 的基本元素

Perl在生物信息中应用示例(DNA复制、DNA转录、RNA翻译) 

第二天

二代测序技术原理及基因组拼接

1.介绍目前主流二代测序仪的测序原理

2.主要操作流程及特点

3.序列拼接的技术方法

4.常用软件及全基因组个性化组装的技巧 

基因组拼接组装(以细菌/病毒为例)(上机操作)

1、全基因组组装的流程介绍

2、原始测序数据的预处理

3、分别介绍Velvet和SOAPdenovo的使用,并以一株细菌的测序数据为例进行组装

4、介绍Newbler的是使用,并以一个IonTorrent测序的噬菌体数据为例进行组装

5、以细菌的数据为例,介绍填补gap的方法,包括延伸法,局部拼接法 

第三天

基因组重测序与数据分析

1、讲解基因组重测序的概念、目的与应用

2、结合实例讲解其原理、类据类型与格式、操作流程、软件等相关知识 

基因组重测序数据分析实例(上机操作)

1.对二代测序数据的解读

2.数据质量控制及数据过滤

3.使用BWA和Samtools进行数据比对并对比对结果进行可视化(重点讲解)

4.寻找SNP和Indel并进行注释(重点讲解)

5.寻找结构变异并对变异进行注释(重点讲解) 

第四天

转录组测序与数据分析

1.转录组基本概况和技术发展简介

2.转录组技术流程及技术细节(重点讲解)

3、转录组应用案例 

转录组数据分析实例(上机操作)

1.转录组数据准备和软件介绍及安装

2.转录组数据的比对(重点讲解)

3.表达量估计和分析(重点讲解)

4、后续功能分析简介 

第五天

microRNA测序与数据分析

1.microRNA目前的应用、发展历史以及microRNA的定义

2.microRNA的生物学过程(重点讲解)

3.microRNA的测序(重点讲解)

4.microRNA测序数据分析软件(重点讲解)

5.microRNA目前的挑战以及将来的研究前景

6.microRNA测序数据分析案例展示(重点讲解)

7.近期文献 

microRNA数据分析实例(上机操作)

1.microRNA测序数据预处理(重点讲解)

2.测序数据长度分布计算

3.microRNA的预测(重点讲解)

4.microRNA碱基偏好性计算

5.microRNA靶标基因预测,结果提取、统计(重点讲解) 

蛋白质组信息学平台及应用

1.蛋白质鉴定的质量控制

2.非限制性蛋白质翻译后修饰鉴定

3.蛋白质定量分析

4.蛋白质组数据管理

5.案例分析 

(课程内容以实际授课为准)

授课教师:来自首师大、蛋白质中心、计算中心、军科院,多个海归博士,均在生物信息学领域有丰富的工作经验。

实际实用:理论讲授和上机实习搭配,结合具体案例。

精致小班:每班少于35人,可根据学员课前提出的工作需求调整课程内容。

VIP待遇:培训后,仍可免费来我中心与生物信息专家一对一辅导。

效果保障:至今已经成功举办多次生物信息分析专题培训,累计百余人次,广受学员好评。

报名费用: 

报名种类 优惠对象

注册费①/折扣

赠送计算资源包月套餐② 

A

在校学生(需学生证)

4950元/9折

1个月(价值3.5万元)+终身VIP会员③ 

B

工作人员

5500元

2个月(价值7万元)+终身VIP会员 

①   注册费含听课费、资料费、上机费和午餐(主办方可协助安排酒店)。请自带笔记本电脑用以上机实习。

②   资源数量含16核、32G内存、100G存储空间, 有效期自培训结束后生效,有效期6个月。

③   所有学员自动成为VIP会员,永久享受生物计算分析服务9折优惠。

【报名优惠政策】

1、2014年5月1日前报名,可享受减免700元优惠。

2、2人团报每人可减免200元,3人以上团体报名每人可减少400元;

3、4+1团报,可免费赠送一个名额                

4、上面3种优惠政策不能同时享受,只能享受其中一种。

5、老学员、老学员介绍的学员均可以再优惠200元。

培训以收到学员培训费为成功报名,培训座位按收到费用先后顺序安排。

注:参加培训班的学员投稿《中国生物工程杂志》,通过审稿的论文将会优先发表。

【注意事项】 

1.已经成功付款的学员,如在开课前7个工作日前联系主办方撤销席位,可退还100%的注册费用;如在开课前3个工作日内(含3个工作日)要求撤销席位则退还80%的注册费用。

2.撤销席位后,学员可提交延期申请,可参加当前时间到2013.12.12日期间由北京市计算中心举办的各类培训,费用将采取多退少补原则。逾期不参加任何培训课程可申请退款,退款期间产生的所有费用由学员本人承担

请联系:张老师  010-59341771 ,18618295767,QQ号:2814500767,邮箱zhangly@bcc.ac.cn

员老师   010-59341773,  18701529461 ,   邮箱:yuanll@bcc.ac.cn

培训网址链接:http://www.bioc.org.cn/China/xinwenzhongxin/

付费方式:现金、支票、银行转账、银行汇款 

单位全称:北京市计算中心

账    号:0200151819100023937

开户银行:中国工商银行股份有限公司北京永丰支行

(备注:在汇款明细里加上“生物计算事业部——您的姓名”) 

如需发票请注明发票抬头,培训结束后统一开具发票(培训费、注册费、会议注册费、技术服务费、信息服务费等),有其他特殊要求请声明。

 

编辑: meeting201   

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