2015.4.6-4.10 宏基因组数据分析专题培训（实验+上机）

授课题目

授课内容

课程类型

收费标准

第一天

宏基因组测序及其应用简介

1. 宏基因组研究的发展历史
2. 宏基因组技术流程及技术细节（重点讲解）

3、宏基因组应用案例

实验操作

3500元/人

宏基因组建库流程-1

1、DNA样品质检（观摩）
2、16s rDNA V3区扩增

1. 凝胶回收扩增产物

第二天

宏基因组建库流程-2

1. 产物末端修复并加A
2. 连接接头
3. 磁珠纯化连接产物
4. PCR富集文库

实验交流-实验间歇进行

1、讲解各步骤实验原理
2、实验细节技术交流
3、参观北京市理化分析测试中心永丰分部实验室

第三天

宏基因组建库流程-3

1. 凝胶纯化文库
2. 文库质检

讲座

报告题目：高通量测序技术在宏基因组学研究中的应用
报告人：中国科学院北京生命科学研究院 赵方庆研究员

linux基础与R语言介绍及上机操作

1、linux常用命令使用和上机操作
2、R语言介绍及基本的绘图编程

上机操作

3500元/人

第四天

基于shotgun测序的宏基因组数据分析技术

一、WGS测序分析的一般流程
1 流程概览
2 文库构建和测序方式选择
3 质量控制和污染序列去除
4 序列整合和分选
5 NR-BLAST和MEGAN分析
6 序列拼接和基因预测注释
二、经常使用的数据资源和工具（重点）
1 NR/MG-RAST和reference
2 MEGAN和classification
3 SOAP-denovo和assembly
4 BWA/inGAP和mapping
三、数据统计与结果展示（重点）
1 测序量和拼接效率
2 从比对文件中提取信息
3 物种/功能分类和组成
4 群落结构多样性
5 聚类和相关性
6 其它⋯⋯
四、WGS测序分析的典型案例
1 人类微生物组计划-HMP
2 地球微生物组计划-EMP
3 反刍动物胃宏基因组
4 环境病毒组和噬菌体
5 从相关案例看WGS的优势
五、一些工具的操作演示（上机）

第五天

QIIME在宏基因组分析中的应用（上机操作）

一、 完整的基于靶向测序的微生物多样性研究方案的设计，包括取样、靶向序列的选择、二代测序方法、生物信息学分析
二、 QIIME的具体应用（上机练习）
1数据预处理
2 序列根据barcode分样
3序列聚类OTUs
4 测序深度判定
5 物种多样性及丰度分析
6多样品OTUs比较（OTU Heatmap、Venn图）
7 多样品物种组成相似度分析（UPGMA 聚类分析）
8 PCA分析
9 组间多样性指数差异显著性分析
10组间物种的显著性差异分析