统计遗传学、系统生物学与分子进化演讲班
一、背景
随着基因分型技术和新一代测序技术的发展与成熟，统计遗传学和系统生物学方法将成为研究多基因复杂疾病易感性，复杂疾病的发生机制和疾病防治与药物开发的主要技术手段，并将成为我国基因组医学自主创新的重要条件。越来越多的证据表明，复杂疾病是由多基因，基因-基因相互作用，基因与环境相互作用所引起的。这些基因和基因，基因与环境的相互作用，或者更广泛地说遗传，表观遗传和环境形成一个多层次的复杂生物网络。正是这些复杂网络的变异引起了疾病的发生与发展。研究疾病的发生与发展的主要工具是统计遗传学和计算系统生物学。 统计遗传学运用遗传学与数学的理论和方法，归纳整合群体遗传学、遗传流行病学、数量遗传学、生态遗传学和分子遗传学等分支学科内容，涉及遗传连锁分析、遗传关联分析、群体遗传结构与分化分析等众多内容。特别是随着Illumina, Affymetrix 等公司基因分型技术的推广应用，基于大规模SNP基因分型数据的全基因组关联分析将成为多基因复杂疾病遗传易感性关系和基因定位研究的主要方法。
然而，针对这种全基因组关联试验数据的统计分析，统计遗传学面临着巨大挑战，如多位点重复检验、基因与基因、基因与环境的交互作用等问题均是目前需要解决的问题。同时应用网络来研究复杂疾病还仅仅是一个开始。目前，国际上在该领域的试验设计和统计分析技术进展很快，本次会议的目的之一是为中美统计遗传学领域的专家学者、计算系统生物学家、从事复杂疾病遗传易感性研究的专业人员、生物信息科学工作者、研究生提供一个互相交流的平台，并为今后的项目交流和相互合作创造条件。
二、会议主题：系统生物学、统计遗传学与分子进化
内容包括
1.复杂疾病基因定位的统计遗传学：① 遗传连锁分析的理论方法：包括遗传连锁的数学原理和最新进展、连锁图（多位点连锁分析）、遗传连锁分析的应用等；②遗传关联性研究的理论与方法：包括关联分析的理论方法与新进展、遗传异质性统计分析方法、表观遗传学（非孟德尔遗传）的统计分析方法、全基因组关联分析的策略和统计分析方法、基因组对照、结构关联分析、多点校正的统计方法、群体遗传结构对关联分析的影响等。③ 基因与基因之间相互作用，基因与环境之间相互作用的统计分析，构造全基因组相互作用网络的数学方法。
2.群体遗传学研究中的统计遗传学：① 基因频率估计的统计分析方法，单倍型统计推断方法；② 低频率遗传数据的关联分析; ③ CNV的关联分析; ④ eQTL; ⑤ 泛函数据分析在QTL分析中的应用； ⑥遗传结构的统计分析方法：包括分子方差分析、多元统计模型、图论分析等，群体基因组学与基因定位研究；⑦空间遗传结构的统计分析：包括空间估计、群体空间关系推断、遗传空间结构界限识别、遗传结构空间成分分解等；⑧群体进化的比较基因组学统计分析方法。⑨进化树构建的统计方法。⑩ Gemomatrix(遗传数据分析)软件及其应用介绍
3.系统生物学的计算与统计理论方法：①系统生物学与细胞功能分析方法；②基因co-expression网络推断；③ 调控网络推断；④调控和co-expression 网络分析；⑤ miRNA target网络构建；⑥系统生物学与疾病；⑦蛋白－蛋白交互作用网络推断；⑧基因－基因交互作用网络；⑨生物系统的建模与识别；⑩复杂生物系统的动力学及其在遗传流行病学中的应用；⑾系统生物学和基因组关联分析；⑿ 遗传与表观遗传的综合分析。
4.比较基因组学中的统计分析方法。
三、会议日程
2009年7月21日 会议注册报到（全天上午8：00-23：00）云安会都会堂大厅
2009年7月22 日 上午：开幕主题发言、特邀报告（张亚平）
议题：待定
议题 1：全频率遗传变异 (SNP, rare variants and CNV) 的关联分析
议题 2：三类全基因组数据关联分析 （SNP, GENE 和 PATHWAY）
（以上熊墨淼）
下午：特邀报告
议题 1：全基因组基因与基因相互作用分析的统计方法
议题 2：全基因组基因与环境相互作用分析的统计方法
（以上熊墨淼、姚音）
专题：统计遗传学理论方法培训与研讨
1．复杂疾病基因定位中的连锁分析方法及fbat/pBAT（姚音）
2. 群体基因组学与基因定位研究（徐书华）
2009年7月23 日 上午: 特邀报告
议题 1: 泛函数据分析基础及其在遗传学中的应用
议题 2: 计算系统生物学介绍
（以上熊墨淼、金力）
下午：特邀报告
议题 1: 系统识别及其在调控网络代谢网络中的应用
议题 2: 表观遗传学的统计分析方法, miRNA target 网络识别的统计方法
议题 3:遗传和表观遗传数据的综合分析， 遗传和表观遗传网络的构造
（以上熊墨淼、金力）
专题：统计遗传学理论方法培训与研讨
群体遗传结构对关联分析的影响（何云刚）
空间遗传结构的统计分析（薛付忠）
2009年7月24 日 上午：云南主持 特邀报告
朱有勇：生物多样性控制作物病害
张克勤：致病细菌引诱并杀死线虫的新机制
褚嘉佑：中国人群遗传多样性研究：选择性适应
王 文：新遗传结构及其新功能的起源进化
宿 兵：灵长类的比较基因组学与人类起源的遗传学机制
肖春杰: 利用云南隔离人群开展高血压疾病相关基因研究
下午：特邀报告
议题 1: 动态系统理论在遗传流行病学中的应用
议题 2: 网络拓扑的健壮性分析 遗传和表观遗传网络的复杂性分析及其在标志性基因和药物靶标发现中的应用（熊墨淼）
专题：比较基因组学和分子进化中的统计分析方法（谷迅）
2009年7月25日 上午：市区生物多样性考察
下午：代表离会
四、特邀报告人
1.金力，博士、复旦-浩青特聘教授。1985年复旦大学生物系遗传学本科毕业；1987年复旦大学遗传所遗传学硕士毕业；1994年获德克萨斯大学-休斯顿健康科学中心生物医学科学/遗传学博士学位，1994年至1996年在美国斯坦福大学医学院医学遗传学专业从事博士后研究。现任复旦大学副校长（主管科研和研究生院），兼中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所共同所长，教育部现代人类学重点实验室主任等职务。是德国马普学会外籍会员。现为《人类基因组学》(英国)主编、《人类遗传学杂志》（日本）和《中国优生优育》（中国）副主编、《人类遗传学年刊》（英国）、《人类生物学》（美国）、《突变研究》（美国）、《中华医学遗传学杂志》（中国）、《中国生物学前沿》（中国）、《人类学杂志》（克罗地亚）等杂志的编委。并任上海市人类学会理事长和上海市遗传学会理事长。曾获国家自然基金委杰出青年基金和教育部长江学者（讲座教授）、国家自然科学二等奖、教育部和上海市科技进步一等奖、复旦大学校长奖等。
主要研究领域为：医学遗传学及遗传流行病学（心血管疾病、风湿病、肿瘤等）、计算生物学、人类群体遗传学和基因组学。近年来承担了国家自然科学基金委重大项目“中华民族基因组结构与功能研究”、国家重点基础研究发展规划项目（973）“环境化学污染物致机体损伤及其防御的基础研究”、国家高技术研究发展计划（863）“中国人基因组SNP单倍型图谱构建及其开发应用”、以及上海市科学技术委员会“原发性高血压相关基因的结构与功能的研究”、“心血管等重大疾病的生物系统网络及动力学研究”等重大课题。在学术刊物如《自然》、《科学》、《美国科学院院报》、《美国人类遗传学杂志》等发表论文200余篇，论文被引用9900余次。
2.张亚平，中国科学院院士。现任中国科学院昆明动物研究所研究员、博士生导师、所长，云南大学教授，中国遗传学会副理事长，中国动物学会副理事长，云南省遗传学会理事长。《Genome Biology and Evolution》副主编、《Animal Genetics》、《科学通报》、《遗传学报》、《动物学报》、《动物学研究》等刊物编委。已在《Nature》、《Science》、《Nature Genetics》、《Proc. Natl. Acad. Sci. USA》、《Am J Hum Genet》、《Mol Biol Evol》等SCI刊物发表论文二百多篇，先后获国际奖“生物多样性领导奖”、中国青年科学家奖、中国青年科技奖、香港求是科技基金会“杰出青年学者奖”、何梁何利基金科学与技术进步奖等奖项。
3.肖春杰，教授，博士生导师。1995年获遗传学专业博士学位。96年破格晋升为教授，并被评为云南省中青年跨世纪学术与技术带头人, 97年入选国家百千万人才工程，2000年被聘为博士生导师，2001年享受国务院特殊津贴。先后在美国哈佛大学、斯坦福大学、德州大学和韦恩州立大学做过客座研究。长期开展中国少数民族基因地理学、群体遗传多样性和疾病相关基因研究，建立了中国少数民族DNA库；发表SCI论文38篇；出版英文专著1部；获云南省自然科学一等奖2次。
4.熊墨淼，教授，博士生导师。现任美国德州大学公共卫生学院副教授，复旦大学现代人类学教育部重点实验室兼职教授。美国Georgia大学统计学专业博士，美国Southern California大学博士后。国际著名统计遗传学专家，主要研究领域为统计遗传学与系统生物学。在基因之间、基因与环境之间交互作用模型、遗传网络构建等方面成绩显著，为IASTED/ACTA International Journal of Computational Bioscience副主编，Journal of Biomedicine and Biotechnology编委，Recent Patents in DNA and Gene Sequences顾问编委，并在《PNAS》,《Am J Hum Genet》, 《Genetics》等国际著名杂志发表论文100余篇，获奖多项。
5.姚音，教授，博士生导师。哥伦比亚大学遗传学博士，法国里昂国际癌症研究所博士后。复旦大学现代人类学研究中心特聘教授（年回国工作时间3个月），约翰霍普金斯大学Bloomberg 公共卫生学院流行病学研究所，副教授。多年来一致从事复杂疾病遗传易感性研究。先后主持和承担了 “Gene-gene interaction in nasopharyngeal carcinoma.”（NIH/NIMH）；“Pharmacogenetics in Tourette Syndrome”（ NIH/NIMH）， “Genetic of Hodgkin’s disease” （R03 NIH/NCI，）；“Pharmacogenetics in Tourette Syndrome”（ Principal Investigator，NIH/NIMH）， “Genetic of Hodgkin’s disease” （ R03 NIH/NCI）等10余项NIH课题，具有丰富的复杂疾病遗传易感性研究关联分析工作经验，在国际刊物发表论文70余篇。
6.卢大儒，教授，博士生导师。复旦大学生命科学学院遗传学研究所教授。主要研究方向为基因组医学，斑马鱼遗传学，人类遗传学， 基因治疗。发表SIC论文70余篇，获奖30余项。兼任中国第六届全国科协委员，复旦大学现代人类学中心副主任，复旦大学内分泌与糖尿病研究所副所长，复旦大学运动医学中心副主任 中国遗传学会理事，中国环境诱变剂学会理事 ，中国民族学会理事，上海市遗传学会理事，副秘书长，实验生物学报、国外医学遗传学分册和突变癌变畸变杂志编委等职。
7.谷迅，教授，博士生导师。美国爱亥华洲立大学遗传学系教授，复旦大学生命科学学院遗传学研究所教授。主要研究方向为比较基因组学、生物信息学、系统生物学。在国际学术刊物上发表论文多篇，获奖多项。
8.朱有勇，教授、博士生导师，校长。从事生物多样性控制病害研究二十五年，先后主持国家973、863、国家攻关、联合国粮农组织、亚洲发展银行及省部级项目十余项。在Nature等国内外学术刊物上发表论文百余篇，出版专著五部。发明技术专利二十余项，推广应用上亿亩。曾获联合国粮农组织(FAO)科学研究一等奖，国际农业磋商组织（CGIAR）优秀成果奖，何梁何利科技进步奖，国家技术发明二等奖，云南省科技进步一等奖，云南省自然科学研究一等奖等国际、国家和省部级科技奖励十余项。曾被授予全国杰出专业技术人才，全国高校名师奖，全国模范教师，全国农业科技先进工作者，全国优秀留学回国人员，兴滇人才奖等荣誉。
9.张克勤，教授，博士生导师，云南大学副校长。省部共建国家重点实验室培育基地——云南省生物资源保护与利用重点实验室主任、云南大学省工业微生物发酵工程重点实验室主任；教育部第四届科学技术委员会学部委员、国家自然科学基金第八、九届评审委员；SCI源刊《Fungal Diversity》执行副主编、《菌物系统》、《菌物研究》编委；中国菌物学会副理事长，中国微生物学会、遗传学会理事。先后主持国家科技攻关项目、国家高技术产业化项目、国家重大基础前期研究项目（973前期研究）、国家自然科学基金项目、财政部成果转化项目、云南省科技攻关项目等多项重大课题。先后在《J.molecular Medicine》、《Applied and Environmental Microbiology》、《Mycological Research》、《Mycologia》、《Fungal Diversity》等刊物上发表论文150多篇，其中SCI论文126篇；申请发明专利30项；获国家科技进步奖二等奖一项，省科技进步一等奖两项，何梁何利创新奖1项。
10.王文，研究员，博士生导师, 现为中国科学院昆明动物所研究员，副所长, 中德马普青年科学家进化基因组学小组组长。1989 年毕业于武汉大学生物系，获学士学位。1992 年在已故动物遗传学家施立明院士指导下在中国科学院昆明动物研究所获得硕士学位。1995年10月-1996年6月在美国哥伦比亚大学作访问学者。1996 年在施立明和吴鹤龄教授指导下在中国科学院昆明动物研究所获得博士学位。 1997 年 8 月 -2002 年 7 月在美国芝加哥大学生态与进化学系作研究助理暨博士后研究。 2004 年获得国家杰出青年基金。 2005年获得国家基金重点项目资助。2007年作为首席科学家获得“973”项目的支持。2008年获得中科院王宽诚西部学者杰出贡献奖。在进化基因组学研究方面取得了一些重要结果。目前已经分别在《Science》、《Nature Genetics》、《PNAS》、》《Nature》、《Nature Review Genetics》、《Genome Research》、《Plant Cell》、《科学通报》等一系列重要学术杂志上发表多篇论文。
11.宿兵, 研究员，博士生导师；昆明动物所副所长，中国科学院知识创新工程学科带头人，中科院“百人计划”引进人才，理学博士；细胞与分子进化院重点实验室主任。从事灵长类比较基因组学、现代人类起源和迁徙以及人类智慧起源的遗传学机制研究。已在《Science 》、《Nature 》、《Nature Reviews Genetics 》、《PNAS 》、《American Journal of Human Genetics 》、《Genome Research 》《Human Molecular Genetics 》和《Molecular Biology and Evolution 》等国际核心刊物上发表论文８０ 余篇
12.褚嘉佑,研究员、博士导师，医学博士。中国医学科学院、北京协和医学院医学生物学研究所教授、 中国遗传学会常务委员、云南省遗传学会副理事长、《遗传学报》、《遗传》、《国际遗传学杂志》副主编，《中华医学杂志》、《中华医学遗传学杂志》、《癌症》等杂志编委。担任中国人类基因组项目中《中国不同民族基因组的保存与遗传多样性研究》课题总负责人。 该项目以人类基因组研究，特别是人类遗传多样性研究与人类疾病基因研究为重点方向，建立了规模化中国不同民族永生细胞库，已建立和保存中国四十多个民族、数千株永生细胞，并保存了相应的DNA。相关研究先后获得国家自然科学二等奖、国家科技进步三等奖和云南省科技进步一、二、三等奖。在国内外发表论文100余篇，参与编著专著8部。
13．徐书华，博士，中国科学院-马普学会计算生物学伙伴研究所助理研究员。主要从事人类群体遗传学和计算基因组学研究。在全基因组芯片数据分析方面有较丰富的经验，感兴趣的领域包括现代人类进化历史、人群遗传结构、自然选择和复杂疾病基因定位等。部分相关工作发表在《American Journal of Human Genetics》、《Molecular Biology and Evolution》《European Journal of Human Genetics》以及《Journal of Human Genetics》等杂志。
14.何云刚，博士，中科院-马普学会计算生物学伙伴研究所助理研究员。2005年毕业于复旦大学。2006-2008年在斯坦福研究院（SRI International）从事博士后工作。 2008年8月至今在中国科学院计算生物学研究所工作。申请人近年的研究工作着重于基因组多态性的群体遗传学， 计算基因组学和疾病研究中的计算生物学问题。
15. 薛付忠，山东大学流行病与卫生统计学专业博士，复旦大学群体遗传学与统计遗传学专业博士后。现任山东大学公共卫生学院副院长，山东大学结核病防治研究中心常务副主任，复旦大学-山东大学地理流行病学与基因地理学联合实验室常务副主任，流行病与卫生统计学研究所副所长，副教授，硕士研究生导师。具备丰富的现场流行病学工作经验，在科研选题中注重学科交叉，现已形成了特色研究方向——“空间流行病学与空间遗传学理论与方法研究”和“复杂疾病基因定位试验设计与统计分析方法研究”。先后在这两个方向上，完成了 “基因空间异质性理论与定量分析方法的研究（第一位）等3项国家自然科学基金项目。目前，在这两个方向上正在主持和承担国家“863”项目“复杂疾病基因定位研究的基因（环境）交互作用与遗传交互网络模型构建及其软件系统的开发”、国家自然基金项目“基于核典型相关理论的‘整体基因’之间交互作用统计推断方法的研究”和国家自然科学基金重大项目“中国人群基因组多态性的分子标记及相关研究”。同时，根据国家重大需求趋势，新开辟了“慢性病预警指标与预警模型研究”和“中药药性理论统计分析方法研究”两个研究方向。目前，在这两个方向上正在承担国家科技支撑计划课题“重大神经精神系统疾病的预警指标体系研究与预警模型开发”（课题组副组长）和国家“973”项目“中药药性理论相关基础问题研究”（担任统计分析组组长）。近年来，在国内外发表论文50余篇，多篇被SCI收录。
五、组织委员会
主任委员：金力 (复旦大学和中科院计算生物所)
委员：张亚平（中国科学院昆明动物研究所）、熊墨淼（复旦大学）、宿兵（中国科学院昆明动物研究所）、王文（中国科学院昆明动物研究所）、肖春杰（云南大学）、褚嘉祐（中国医学科学院医学生物学研究所）、姚音（复旦大学）、卢大儒(复旦大学)、徐书华（中科院计算生物所)、何云刚（中科院计算生物所)、谷迅（复旦大学）、薛付忠（山东大学）
秘书长：钱吉（复旦大学）、张炳炎（云南大学）、郑冰蓉（云南大学）
六、联系方式
云南大学联系方式：
联 系 人：张炳炎
通讯地址：云南省昆明市翠湖北路2号云南大学科学馆一楼云南省遗传学会，650091
电话：0871 5033830（O） FAX: 0871-5368877 手机：13808796344
E-mail: byzhang@ynu.edu.cn
复旦大学联系方式：
联 系 人：钱吉 王玲娥
通讯地址：上海市邯郸路220号复旦大学遗传学研究所200433
电话：021-65642426；55664474
传真：021-65642426
E-mail: jiqian@fudan.edu.cn
七、注册费汇寄
（1）银行汇款方式：
户名：云南省遗传学会 开户银行：中国工商银行昆明正义支行
帐号：2502012009024919155 用途：论坛会议费
（2）邮寄方式：
地址：通讯地址：云南省昆明市翠湖北路2号 云南大学科学馆一楼云南省遗传学会
邮编：650091
收款人：张炳炎
请注明：“系统生物学、统计遗传学与分子进化讲习班”
八、主办单位：复旦大学、云南大学、中科院-马普计算生物学伙伴研究所
九、承办单位：复旦大学、云南大学人类群体遗传学联合实验室
十、协办单位：云南省遗传学会 云南省细胞生物学会
十一、会议时间：2009年7月21至2009年7月25日
十二、会议地点：云南省昆明市
会议注册报到地点: 云南省昆明市云安会都
会议注册费：
a.2009年5月31日前注册：
正式代表：1100元/人
学生代表（博士、硕士研究生）：700 元/人
b.2009年5月31日后及现场注册：
正式代表：1200元/人
学生代表（博士、硕士研究生）：800 元/人
c.会议注册费说明
注册费包含资料费、餐费。
5月31日之前通过网上（www.biobrain.com.cn）注册的代表均按以上标准优惠。
代表的交通费、住宿费回原单位报销。
十三、住宿标准：标准间价格：清莲池180元/人 清华池160元/人
乘车路线：
1、火车站-云安会都距离约10公里，由火车站乘2路公交车到小西门百汇商场下车，转乘81或100路到云安会都。或从火车站乘的士到云安会都（打车费约25元左右）。
2、飞机场-云安会都距离约12公里，由飞机场乘坐52路到大观楼下车，转乘100路到云安会都。或从飞机场乘的士到云安会都（打车费约25元左右）。
