2018 年 1 月 26—30 山东 基因组、转录组培训班

一、培训目标及特点：
本培训以第三代测序、第四代测序技术的应用与数据分析、基因组、转录组为主题，精心设计了具有前沿性、实用性和针对性强的理论课程和上机实操课程。
培训邀请的主讲人均是有理论和实际研究经验的人员，学员通过与专家直接交流能够分享到这些顶尖学术机构的研究经验和实验设计思路。学员通过集中专题学习后能够扩展思路，在研究技术方面领悟更多。

二、培训内容     章节    内 容生物信息学介绍 
生物信息学介绍与前沿技术动态序列的比对
1、全局比对  Clustalw,Muscle,Hmmer
2、局部比对  Blast, Sim4,Genewise
3、序列比对算法分析   基因组/基因注释分析
1、新一代测序技术原理和数据处理介绍
2、基因组拼接与组装基因组 de novo 组装方法重复序列分析技术
3、 RNA 分析 tRNA,rRNA,microRNA,snoRNARNA 干扰，SiRNA 预测技术
4、基因预测原核：Glimmer，真核：Genescan, Augustus
5、 基因功能注释及常用的数据库介绍基因组学研究概述 
1、structural genomics: 结构基因组学
2、functional genomics: 功能基因组学
3、Drug discovery: 药物研发
4、Personalized medicine：个性化、精细医疗 DNA 测序技术-转录组分析的进化
1、第一代测序技术：Sanger 测序原理
2、第二代测序技术：Illumina，454, Ion Torrent 原理
3、第三代测序技术：PacBio, Hellicos 原理
4、第四代测序技术: Oxford NanoPore 原理
5、其他技术 Hybridization based methods (NabSys)Experimental   
rocedure for transcriptomic analysisIntroductionNumber of duplicationsSequencing coverageTranscriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)Transcriptomic analysis using
acBio (Iso-Seq)IsoSeq Experimental designData analysis  
（part 1）：data pre-processing evaluation of data quality
数据分析 Data format，fasta，fastq，quality value，gff3
Data cleanupQuality filter, trimmer, clipper Data analysis
（part 2）：reference free analyses（无参转录组分析）
Gene discovery Trinity de novo transcriptome assembly Analysis
of Differential Expressed Gene
（DEGs）Abundance estimation using RSEMDifferential expression
analysis using EdgeRExplore the results (cummerbund)MA plot, Volcano
lot, False Discovery Rate (FDR)hierarchical two-way clustering, pairwise sample-distance, gene expression profiles. 
使用 R 语言进行生物信息学相关的分析使用 R 语言相关的包对转录组等组学的高通量测序数据进行差异表达、富集分析等。
生物信息学专业图 KEGG、GO 等的绘制方法与运用 R 语言进行实现基因组可视化软件 circos 的使用  使用 circos 绘制基因组圈图生物信息学专业常用工具及绘图方法应用生物信息常用的工具进行专业绘图及格式转换；
学 BioEdit、WeGO 等常用生物学专业软件的图表及格式转换


三、联系方式：报名电话：010-58032788  
联系人: 张爱国     咨询电话：136 8311 1214
报名邮箱：zky_im@vip.126.com
了解详细的 红头文件，请联系张爱国老师。

编辑： 会议君    来源：丁香园